单细胞至少得培训3天及以上，如何鉴别好的培训班

单细胞成为了科研热点，是毋庸置疑的，所以很多商业培训机构跟风开始举办各式各样的培训班，粗略看了下课表，简直~~~

更有趣的是，根据我们粉丝中的一些参加过培训班的学员，大多数培训班基本上都是蜻蜓点水的介绍一些PPT常识。

有必要介绍给大家一个真正的单细胞培训，基本上涵盖了我的的全网第一个单细胞课程（基础）满一千份销量就停止发售 内容，就是一些R包的认知，包括 scater,monocle,Seurat,scran,M3Drop 需要熟练掌握它们的对象，：一些单细胞转录组R包的对象 ，分析流程也大同小异：

  • step1: 创建对象

  • step2: 质量控制

  • step3: 表达量的标准化和归一化

  • step4: 去除干扰因素(多个样本整合)

  • step5: 判断重要的基因

  • step6: 多种降维算法

  • step7: 可视化降维结果

  • step8: 多种聚类算法

  • step9: 聚类后找每个细胞亚群的标志基因

  • step10: 继续分类

就是Single cell RNA-seq data analysis with R，课程由欧盟的面向生物信息的欧洲生命科学基础设施（ELIXIR）的 ELIXIR-EXCELERATE项目 全额资助，所以是免费的。羡慕在欧洲的朋友们！

其实一个星期前，我们在单细胞天地第一时间发出去了2019单细胞组学国际会议研讨会 通知，导致报名通道被挤爆，提前关闭，非常多粉丝很可惜的错过了这次谢晓亮、汤富酬、黄岩谊等大拿举办的这次免费的单细胞盛宴。

国内外这样的机会不少，我们单细胞天地希望可以借此机会帮助大家对接到合适的学习资源，所以大家加我们单细胞天地官方小助手微信获取各类学习资源以及最新资讯！(PS : 添加好友请务必备注工作或者学习单位+姓名)

Monday 27.5.2019

  • Introduction and experimental design (Åsa Björklund, Jules Gilet)

  • QC, data preprocessing (Åsa Björklund)

  • Normalisation and batch effect correction (Heli Pessa, Bishwa Ghimire)

  • Data integration (CCA, MNN, dataset alignment) (Ahmed Mahfouz)

Tuesday 28.5.2019

  • Dimensionality reduction (PCA, tSNE and UMAP) (Paulo Czarnewski)

  • Clustering (Ahmed Mahfouz)

  • Differential gene expression analysis (Ståle Nygård)

Wednesday 29.5.2019

  • Cell type identification (Philip Lijnzaad)

  • Trajectories/Pseudo-time (Paulo Czarnewski)

  • Spatial transcriptomics (Jeongbin Park and Lars Borm)

具体课表是：

Monday 27.5.2019
   09:00-09:45 Lecture: Introduction and experimental design (Jules Gilet)
   09:45-10:15 coffee break
   10:15-11:00 Lecture: Quality control (Åsa Björklund)
   11:00-12:00 Labs: Quality control (Åsa & Jules). Bonus exercise (not to be done in the class): Sequencing QC and Ikura pipeline (Jules).
   12:00-13:00 lunch
   13:00-13:45 Lecture: Normalisation and removal of confounding factors  
   13:45-14:30 Labs: Normalisation and removal of confounding factors (Heli & Bishwa)
   14:30-15:00 coffee break
   15:00-15:45 Lecture: Data integration (Ahmed Mahfouz)
   15:45-17:00 Labs: Data integration (Ahmed Mahfouz)
Tuesday 28.5.2019
   09:00-09:45 Dimensionality_reduction (Paulo Czarnewski)
   09:45-10:15 coffee break
   10:15-11:00 Labs: Continue from Data integration, (Rmd file)
   11:00-12:00 Lecture: Clustering (Ahmed Mahfouz)
   12:00-13:00 lunch
   13:00-14:30 Labs: Clustering, (Rmd file) (Ahmed Mahfouz)
   14:30-15:00 coffee break
   15:00-17:00 Differential expression, (Rmd file 1), (Rmd file 2) (Ståle Nygård)
Wednesday 29.5.2019
   09:00-11:00 Lecture: Cell type identification (Philip Lijnzaad)
   09:45-10:15 coffee break
   10:15-11:00 Labs: Cell type identification, (Rmd file) (Philip)
   11:00-12:00 Lecture: Trajectories/Pseudo-time I (Paulo, Jules). Labs
   12:00-13:00 lunch
   13:00-14:00 Trajectories/Pseudo-time II (Paulo, Jules). Labs
   14:00-14:30 Lecture: Spatial transcriptomics I (Lars Borm)
   14:30-15:00 coffee break
   15:00-16:30 Lecture: Spatial transcriptomics II (Lars Borm & Jeongbin Park)
   16:30-17:00 Discussion and questions

是不是干货满满？

国内有这样的培训吗？加群吧，我们一起讨论！

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