【直播】我的基因组 34：Qualimap对比对好的bam文件进行统计及可视化

上一讲我们说道Qualimap这个软件，那我们现在仔细了解下这个软件吧！

比如下面这个覆盖度与测序深度的图来说：

如果我们自己要对55G的bam文件进行统计，可以sort好之后用samtools的mpileup功能来自己写脚本来区分染色体，分别统计覆盖度和测序深度，再绘图。但其实有很多优秀的工具也可以做到，而且是一步到位，还附送非常多的其它统计指标，比如Qualimap，有点类似于fastqc，也非常好用！

软件安装如下：

## Download and install Qualimap

## http://qualimap.bioinfo.cipf.es/

cd ~/biosoft

mkdir Qualimap &&  cd Qualimap

wget https://bitbucket.org/kokonech/qualimap/downloads/qualimap_v2.2.1.zip

## readme  http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/index.html

## example results :http://kokonech.github.io/qualimap/HG00096.chr20_bamqc/qualimapReport.html

~/biosoft/bamtools/bamtools/bin/bamtools

~/biosoft/Qualimap/qualimap_v2.2.1/qualimap --help

软件安装之后使用非常简单，而且我们只使用它的bamqc的功能命令如下：

~/biosoft/Qualimap/qualimap_v2.2.1/qualimap  --java-mem-size=35G  bamqc -bam    ~/data/project/myGenome/bamFiles/P_jmzeng.final.bam

而且它不需要再对每条染色体分别处理了，因为它本身就自带这个统计机制。至于这个软件做了什么呢，我已经把它的报告上传到网络了，大家可以点击查看原文来了解或者复制链接到浏览器 （ http://www.biotrainee.com/jmzeng/blogMyGenome/P_jmzeng_Qualimap_results/qualimapReport.html  ），其实也就是我们前面对bam文件的一些解析而已，没什么意思，讲这两个软件，只是告诉大家，对于生信工作者来说，学习一个新的软件的用法应该是非常简单的事情。

文：Jimmy、吃瓜群众

图文编辑：吃瓜群众