影响Cre对lox位点重组效率的因素

Cre重组酶的重组效率并不是100%的，也就是说当Cre小鼠与flox小鼠交配后，特定组织中只有部分细胞中发生重组，因此会产生嵌合模式。

lox位点的放置位置会影响重组效率。只有两个lox位点相遇才能在Cre作用下发生位点特异性重组，而两个lox位点相距越远，它们相遇的概率就越低，导致重组效率也就越低。因此，在设计条件性基因打靶策略时，需要考虑基因结构与flox区域的长度，来降低重组失败的风险。

Cre的表达量并不等同于Cre对lox位点的重组效率。很多时候由于基因组调控的复杂性，以及每个基因在不同细胞内染色质状态不同，Cre对于不同基因位点的Loxp切割效率并不一致。甚至有可能会出现同一种Cre小鼠对一种flox基因起作用，对另一种flox基因则不起作用的极端情况。而在使用Reporter小鼠指示Cre活性时，由于Reporter小鼠中lox位点与报告基因所在的基因组状态偏开放，从而使得Cre在Reporter小鼠中重组的效率会比对实际目标lox位点的重组效率要高一些。因此，Reporter小鼠验证的结果可以作为一种参考，但不是金标准。可以用多种不同的Reporter小鼠来检测Cre小鼠的特异性重组,反映出Cre重组酶对不同基因的重组效率可能是不同的。