离题之后的胡扯，关于JJplot2蛋疼事

身为一个公众号，如果不更新，那么太对不起关注的朋友们啦。然而，作为一个正经的果农，我确实没太多可以分享的。按照惯例，先宣传一下地球上最好的生物信息理论和技术交流QQ群（bioinformatics*CN 276151571），

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很久很久以前，使用TBtools的朋友们就来了个feature calls，说最好能出热图...这个乍看之下简单，我给JJplot2加个geomTile()，感觉就差不多了

和使用ggplot2直接出tile的热图差不多，前面需要对数据自己进行标准化，然后是melt，随后才试出，JJplot2，最大的好处当然是可交互啦，好的地方就不说了。

然而，这个距离某种意义上的出热图还有太大差距，颜色上，淡定，这个简单，主要是在聚类上麻烦了。

我们做个热图，总是要对数据进行聚类的。常用的方法是层次聚类，当然也有用Kmeans聚类。

这段时间压力比较大，于是我拿起放下接近一年的JJplot2包，写起了这两个简单的聚类。其中，用hclust，出了张图，过程有趣。

依旧是JJplot2出图的图，亮点依然是可交互（先做层次聚类，然后生成newick tree，喂给之前在EasyCodeML里面放的tree label的包），如下：

除了这个图，我就想起前几天Raindy (平易近人，智勇双全的福建农高教授）提到在node上面打标记，其实很久以前我就写进去啦，只是为了tree label，就直接隐藏起来。

可以这么说，JJplot2是ggplot2思想某种意义上的模仿，而这个出树，索性叫做 JJtree（鸡鸡树），则是ggtrees思想某种意义上的模仿。画树的思想，是早期我用JS出树的纠结，随后受到Y叔ggtree的启发：

点才是图形的一切，

一点就是一点，

两点就是线，

三点就是面...

美化和其他，我觉得是时间问题啦。

JJplot2是在个人对ggplot2语法理解的基础上，外加看了《Grammer of Graphics》和Hadley写的一些文档之后，个人生硬实现出来的。之所以写这个....

首先明确一个目标，我是生物出身的，我知道做生物的朋友接触到生信数据是一种什么样的崩溃心情，但是我们不能强迫每一个人都对计算机熟悉，甚至对编程熟悉，所以需要有人来做一些工作，让所有人，都可以在理解原理的基础上，不需要掌握操作技术，就可以实现一些简单的分析。

那么对于这个目标，那么最直接的一点，尽量避免程序安装和配置的麻烦。

我刚学java的时候，写了blast3go，当时我调用R包做GOlevel2出图和GO富集，到现在估计有不下30人有直接QQ小窗到我问环境配置，想想挺累。调用R应该去掉，所以我后面全部用JAVA实现，也就得到了TBtools的十分之一的功能。为此，我写了JJplot2作为其绘图引擎。一方面，我个人是希望有一个能像ggplot2一样自由的java包（已经有一个荒废很久的java version的ggplot2在网络上，从例图来看，那个人实现得非常好，但是他荒废了，而且也没有我最需要的交互的功能），与其限制于人，不如自己动手，所以有了JJplot，随后重新理解ggplot2，于是又重写成了JJplot2，其中也包括部分为了EasyCodeML标记树的需要，做的一些调整。---讲真，进化首先是个坑，进化相关的软件更是坑，进化相关软件的输入输出，都是巨大无比的坑....

不扯了，刷会文献，然后吃晚饭

以下TBtools出的几个图。。。确实没时间截新图咯。。。