MIMIC专题 | MIMIC数据库的安装

本文作者为学号BH70058麻醉专业的樊桂波医生，小黑屋训练营的模范学员~

上期樊老师跟大家分享了 MIMIC数据库的介绍和注册指南👇

MIMIC专题|傻瓜版MIMIC数据库注册指南

取得权限后，本期将带领大家完成MIMIC数据库的安装，跟着樊老师step by step，一点也不难~

MIMIC数据库的安装主要有以下步骤：

下载和解压数据库（包含26个表格）；

下载SQL文件；

postgreSQL安装；

SQL脚本安装；

获得MIMIC数据库的使用权限后才可下载数据。下载后的数据集是26个CSV表格，查看时需安装PostgreSQL、SQLserver、Oracle等数据库管理系统。

现在打开电脑 一步步开始吧

划重点：要点都在图片中

MIMIC 官网：https://mimic.physionet.org/

1. 下载和解压数据库

获得权限后就可以下载相应的数据库。

mimic的页面我们选择tutorials里面就有详细的安装过程：第一个是linux和mac的，第二个是windows的，我们先说windows的~

Document  → Getting start  →  Downloading the datebase ，点击红色登录窗口，登录成功后返回界面登录下载数据库网址

打开后，直接拉到最下方，可以看到如下界面：

所有表格均以.csv格式保存的压缩文件，点击Download the ZIP files进行下载,也可点击下方单个文件逐一下载（注：因是国外网站，建议找网速比较好的地方或者寻求国外朋友帮忙。自己下载的话需要耐心）。下载完成后，解压包括26个数据表格。

一共28个文件，6g多吧，都下吧，统一放到一个文件夹里，注意我们接下来的操作里目录名字不要出现汉字和空格~下载有可能很慢，特别是4g的chartevents...

下载完之后我们全部解压到一个文件夹， 注意目录里还是不要有空格和汉字。解压完之后是43g左右。

之后安装还有60g左右，所以大家至少准备个120g以上的盘吧，以备不时之需。

2. 下载SQL文件

点第3条的那个here，说是让你把所有的sql都下了，但是没必要下那么多。主要是下面红色框框的这四个👇 右键另存为就行了，再把这几个文件放到一个文件夹中，注意目录的问题。

3. 安装postgreSQL

Document → Tutorials → Install MiMIC (根据自己的电脑进行相应的安装)       http://www.postgresql.org/download/windows/

安装过程中数据安装位置的磁盘空间要至少90G的剩余空间，以免影响后期的使用。（注：建议选择10.14或9.6版本）

点击要安装的版本直接进行安装，软件安装位置可以随系统，数据安装建议安装的盘要留有足够，以免耽误后期使用。安装过程中需要设置密码（牢记），其他不需要动，安装完成最后一个界面取消选择，点击完成即可。

安装完成，可在电脑开始菜单中查看，如下安装成功。

4. SQL脚本安装

这一步也是数据库的本地安装。

电脑的开始菜单里找到postgreSQL，找到这个shell打开。

点击SQL shell(psql)，回车直至出现用户口令界面，输入安装SQL时的密码（此处密码并不显示），继续回车。

然后按照官网的顺序开始输代码。别输错哦~ 输完一行记得后面加；号，然后回车执行代码。

出现如下界面，开始安装SQL语言命令，连接数据库

逐条粘贴以下代码，回车，出现postgres=#,光标闪烁才可粘贴下一条代码。

建立数据库链接。

与mimic数据库连接成功，接下来需要输入提取mimic数据表格的相关语言代码。指定文件夹就是所下载的mimic的26个.CSV文件表格位置。建议路径尽量短，以下存储路径仅供参考。按顺序输入每一条记录，然后回车，出现mimic=#_光标显示方可输入下一条。（注：安装下载数据路径时请不要着急，时间和网速与电脑系统有关，5到10个小时不等；增加索引大概需要2到3个小时；核查过程大概需要半个小时。安装时请合理安排时间。只要不出现报错命令，就不用管。静等即可。）

安装已提取好的数据代码，再次打开SQL shell(psql),回车直至出现用户口令界面，输入安装SQL时的密码（此处密码并不显示），继续回车。

出现以上界面时，逐条输入以下代码。注意事项同上。完成后关闭。

成功打开，可见Tables(44),安装完成。（下图片界面有更改，仅供参考）

安装完成后打开pgAdmin4，验证是否能够使用。

补充代码合集：

DROP DATABASE IF EXISTS mimic;

CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;

\c mimic;

CREATE SCHEMA mimiciii;

set search_path to mimiciii;

\i D:/SQL/scripts/postgres_create_tables.sql

\set ON_ERROR_STOP 1

\set mimic_data_dir 'D:/SQL/mimicdata'

\i D:/SQL/scripts/postgres_load_data.sql

\i D:/SQL/scripts/postgres_add_indexes.sql

\i D:/SQL/scripts/postgres_checks.sql

以下为数据库已经提好的数据代码

\c mimic;

set search_path to mimiciii;

\cd 'D:/SQL/concepts'

\i D:/SQL/concepts/make-concepts.sql

注：红色区域需要自己更改，明确自己的安装路径，尽量短，不要有中文，以免报错。

关于MIMIC的安装，您学会了吗

数据如何如何管理？如何提取？

本公众号会陆续推出MIMIC专题系列文章

敬请期待！！！

END

作者 | 樊桂波

审核| 念荣 小秋

编辑| Alie

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