灭亡准噶尔以后，清政府是如何治理新疆的？
清乾隆二十四年（1759年），清政府把握了准噶尔部内乱迭起，部众离心的大好战机，分兵两路西进，最终灭亡了准噶尔，完成了对天山南北的统一。为了宣示武功，乾隆将这片广袤的土地命名为“新疆”。
新疆打下来了，要如何治理呢？不同于内陆，新疆地广人稀，民族、信仰问题交织。本着因地制宜的原则，清廷制定了一整套包括军事、政治、经济的治理策略。
统一天山南北后（1762），清政府在新疆设立了伊犁将军，将军府设在惠远城。这是清朝官方在新疆的最高军事、行政长官。其下设置都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣，分驻南北疆各城，管理军政事务。清廷还从全国抽调满蒙八旗及绿营兵分地驻防。其布防原则上北重南轻，其中伊犁驻兵为多。
为什么清政府将伊犁作为新疆的政治中心呢？
首先是出于维稳的需要。伊犁曾是准噶尔的统治中心，为了防止叛乱势力死灰复燃，防止沙俄蚕食侵略，必须加强对伊犁地区管控。从地图上看，伊犁是当时新疆的中心，在伊犁设置将军府，能与乌鲁木齐设都统、喀什噶尔设参赞大臣形成掎角之势，便于相互驰援；同时，这里水草丰美，可以发展农牧业，适宜垦荒和大规模驻兵，从而减少军费开支与内陆百姓负担。
乌鲁木齐是仅次于伊犁的重镇，其都统受伊犁将军辖制。此地驻守满、蒙八旗携眷官兵三千，绿营兵一万；库尔喀拉位于伊犁、乌鲁木齐之间，只有一营绿营兵；巴里坤是天山北路又一重镇，这里驻守四千官兵；古城地处巴里坤、乌鲁木齐之间，驻守一千二百官兵；塔尔巴哈台西接哈萨克，北邻俄罗斯，战略位置重要，这里驻守三千二百官兵。
天山南路地区，以喀什葛尔最为重要。因此清廷在此设立参赞大臣，总管南疆八城。这里驻守着一千一百名官兵。整个南疆，有八千左右驻军。
新疆地域辽阔，民族复杂，清廷以俗而治，在此分别推行札萨克旗制、府县制、伯克制。
札萨克旗制原本推行于内外蒙及青海。这是一种综合了八旗制和部落制特点，带有军事管理色彩的行政管理体制，它清廷实行于哈密、吐鲁番的维吾尔人，以及东归的土尔扈特部。
北疆水源充足，土地广阔，适合大规模开垦。清廷在内陆招募一部分无地贫民来此垦荒。汉族移民的增长，耕地面积的扩大，使得行政管理日趋复杂。乾隆三十八年（1773年），清廷在巴里坤、乌鲁木齐设置了一道、一府、一直隶州、五州县。除了当地守军，新疆的府县行政事务一律由归陕甘总督管辖，任职的官员，大多是满人，此外还有少数蒙古人和汉军旗人。
伯克，在维吾尔语“长官”之意。清军进入新疆前，南疆的维吾尔聚居区大多实行伯克制。清廷改革了伯克制，规定各城的伯克一律由参赞大臣奏报，批准后才能走马上任。而且，伯克不能像过去那样，父子承袭，不能在本地任职，不能兼任宗教职务。
任用的伯克从三品到七品不等，管理一城的伯克是三品，名叫阿木其；协助管理城市的伊什罕为四品；管理粮赋、征输的伯克是五品；管理税收、水利、刑名、文档等伯克是六品；剩下的管理治安、市场、驿馆的伯克是七品。
为了让他们尽忠职守，清廷除了每年给城主、副城主一定数量的养廉银，还按其品秩高下，分别赐予养廉土地和种地人。
改革后的伯克制，缓和了南疆的阶级矛盾，一度促进了当地的繁荣。不过，伯克制仍然存在不小的问题，当伯克与派驻当地的办事大臣沆瀣一气时，民众难以反抗。
乾隆三十年（1765年），乌什爆发了民乱。原来是当地伯克大肆索掠，办事大臣又置之不理，当地人只有选择反抗。为了平定这场动乱，清廷从伊犁、喀什调兵，围城半年，才将起义镇压下去。
而随着时间的推移，这一问题更加严重。道光以后，南疆社会矛盾激化，与这些伯克们对百姓的肆意盘剥关系密切。
新疆远离内陆，运粮不便，为了让大军和移民能长期戍守，清廷在此屯垦戍边。此举为维护边疆的稳定有突出的贡献，对后代影响深远。
屯田形式有五种，分别是兵屯、旗屯、犯屯、民屯、回屯。
兵屯，是绿营兵的屯田，“兵屯之制，一夫拨田二十亩”。主要在北疆的乌鲁木、伊犁、巴里坤、塔尔巴哈台。南疆的集中在哈密、吐鲁番、阿克苏等地，但规模不及北疆。为了让屯兵安心，清廷鼓励其带家眷。因此，携眷屯兵最多。兵屯以乾隆嘉庆朝最兴盛，道光以后趋于衰落。
旗屯即八旗屯田，主要分布于伊犁。乾隆末年，驻防八旗人口渐多，生计很成问题。嘉庆七年（1802年），新任伊犁将军松筠决意屯田解决旗人生计问题。他开渠引水，得地十二万亩，将其交予闲散八旗人员耕种。
犯屯顾名思义，就是由犯人垦殖的屯田。乾隆中期以后，新疆成为发配内陆罪犯的地方。当然，能够屯田的都是罪行较轻的，罪行重的直接成为屯兵的奴隶。屯田的流放犯一般每人有十二亩地，带家眷的再给五亩。他们的收获，除了一年的口粮，其余的都要尽数交纳。低下的待遇，令其不堪忍受，经常以逃亡作为反抗。
回屯是维吾尔人的屯田。清廷用兵准噶尔时，哈密、吐鲁番一批维吾尔人随清军屯田。平定天山南北后，清廷从南疆迁来一批维吾尔人到伊犁屯田“其回民授田之户，论籽种，不计顷亩。”每年伊犁官兵的粮食，有六成来自回屯。后来，清政府又在南疆各地兴办回屯。
民屯就是内陆的自耕农，他们主要分布于乌鲁木齐、巴里坤地区。主要成员是内陆的无业游民或失地农民。为了鼓励开垦，清廷会发放种子、农具，而且五年不收任何税赋，第六年每亩纳细粮八升。除了内陆普通民众，北疆的绿营兵子弟、表现好的犯人都可以转变成自耕农。