蛋白质相互作用数据库 BioGRID

写在前面

关于探究的蛋白质相互作用的数据库,之前介绍过STRING就是这样的数据库,为什么很多生信的文章都是使用STRING来探讨基因之间的相互作用关系,主要原因还是STRING支持输入多个基因,寻找多个基因之间的相关作用关系。但是如果我们只有一个基因的话,想要知道这个基因和其他什么基因有关系的话,这个时候,STRING虽然也能做,但是预测的结果和结果的多样性就没有另外一个数据库好了。这个数据库就是 BioGRID (https://thebiogrid.org/ , 点击阅读原文可直达数据库)。

具体操作

打开链接,官网界面如下,使用起来非常简单,在搜索框输入基因名称、选择物种、提交, 3步即可得出结果。

举个栗子:YTHDF1
提交后可得到如下检索信息:

1.     该基因的基本信息,如:别称、GO、转录后修饰情况等,并提供外源数据库链接。

2.     基因间的相互作用方式、具体检测方式及其所占百分比。

3.     基因相互作用的详细信息及下载。

Interactors菜单下,可以看到与“YTHDF1”蛋白相互作用的全部基因,具体展现方式可以依据证据的多少或者字母顺序,也可看相互作用基因的转录后修饰信息。
通过Network菜单,可以显示该蛋白质的相互作用网络,点击该网络内的任意节点或者连线,均可显示相关信息。
絮絮叨叨

之前有小伙伴提问说,多个蛋白相互作用的数据库获得的结果不一样怎么办?如果是相同的数据进行相同的分析的话,结果肯定是一样的。正因为数据库纳入的数据不一样,同时数据库选择的分析方式也不一样,所以才会导致结果不一样的。这个严谨一些的,应该看看发表的文章里面介绍的使用的是什么数据进行了什么分析。如果懒得看的话,既然数据库文章都发表了,那就说明数据库的算法是经过同行专家同意的,所以我们可以取交集或者并集的方式来获得基因相互作用的其他基因。

(0)

相关推荐

  • STRING:蛋白相互作用数据库的使用

    昨天我们介绍了一些网络分析当中用到的一些基础的知识(相互作用网络分析基础).对于基因组数据分析而言的话,我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, ...

  • 候选基因那么多,如果选择核心基因?

    在进行高通量测序的时候,我们在会得到很多的候选基因.但是对于基础实验而言,我们往往只需要寻找到这些基因当中重要的那些基因来进行后续的实验即可.但是这么多基因该怎么寻找的呢? 这个一般可以通过通路富集或 ...

  • STRING:蛋白互作网络构建

    ●STRING数据库介绍 ● 做科研的时候,为了研究蛋白之间的相互作用网络,我们需要借助一些蛋白质相互作用数据库,而string(Search Tool for the Retrieval of In ...

  • 肿瘤蛋白相互作用分析数据库

    作图丫聚焦生信技能,前沿文章,个性绘图以及生信技能培训.有兴趣的小伙伴快来关注吧! ---------分割线---------- 对于相互作用分析的而言,我们之前介绍过STRING.BioGRID和C ...

  • 一篇最基本生信分析文献解读

    利用一周多的时间,我们把最最基本的生信套路来讲解了一遍.正好前几天一个小伙伴拿了一篇相关文献在咨询问题.这里就拿这篇文献来总结一下我们目前写的这些东西. 这次我们来讲解的这边文献是2019-10-12 ...

  • 基因组CRISPR筛选数据库介绍

    前段时间一个汇总了多个基因组 CRISPR 数据的数据库:[[BioGRID ORCS-CRISPR筛选数据库]].同时之前也介绍了一个肿瘤细胞系相关的 CRISPR 数据库 [[DepMap Por ...

  • 发表在nature protocol上的相互作用数据库是什么样子的(二)

    昨天我们介绍了ConsensusPathDB的基本功能以及其在蛋白相互作用查找当中的使用.今天我们继续把ConsensusPathDB剩下的功能来进行介绍.2. 基因富集分析2.1 数据库输入对于这类 ...

  • lncRNA功能预测

    我们在基因研究的时候,需要提前预测这个基因的功能是什么.编码基因可以通过其基因的蛋白结构来预测到主要功能是什么.但是对于长链非编码RNA(lncRNA)的功能,由于其不编码蛋白.这样功能预测的就不适用 ...

  • 综合性基因组CRISPR筛选数据库

    前段时间我们在对 [[CCLE-肿瘤细胞系百科全书 v2.0-数据下载]] 新的使用方式进行了系统的讲解.其中提到了 [[DepMap Portal-肿瘤细胞系综合分析数据库]] 这个工具.在这个工具 ...

  • 探索基因间相互作用和功能,除了string还有更友好的它!

    解螺旋公众号·陪伴你科研的第2522天 简洁.明了.好用 之前我们介绍了快速寻找RNA与RNA.蛋白质.DNA和化合物相互作用的好用网站,今天我们一起来看一下另外一个好用的数据库. GeneMANIA ...