甲基化芯片标准差异分析图表 / 开普饭

于 2015 December 发表在Prostate杂志的文章《Epigenomic profiling of DNA methylation in paired prostate cancer versus adjacent benign tissue》，链接是：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pros.23093

其实在本研究之前已经有两个类似（使用HumanMethylation450 (HM450) BeadChip技术看前列腺癌和正常对照甲基化差异）的文献了：

The first study included 19 PCa samples and 4 benign samples (matched to 4 of the PCa samples) (11),
and the second study included paired PCa and benign samples from 6 patients (9).

病人队列介绍

四句话描述：

The mean age of the 20 patients in the study was 56.6 years (Table 1).
Patients were European American (n = 18) or African American (n = 2).
Half of the patients had a Gleason score of seven or more,
the majority of patients had localized stage disease based on surgical pathology.

详细信息如下表：

病人队列介绍

标准差异分析应该是有火山图和热图

全部的 2,040 differentially methylated CpGs 都展现在如下所示两张图里面了：

火山图展现：

Differentially methylated CpGs (Q <0.001; n = 2,040) are labelled in green or red.
The 27 red-labelled CpG sites had a mean methylation difference of at least 40% between cancer and benign tissue and were all hypermethylated.

热图里面可以看到 Unsupervised clustering using these CpGs clearly separated PCa from adjacent benign tissue samples.

标准差异分析应该是有火山图和热图

甲基化芯片特有的差异展现方式

图a其实也可以展现其它组学的差异，比如转录组或者snp位点在参考基因组的各个染色体的分布，在gwas领域也有这样的曼哈顿图，针对几十万甚至几百万的位点有比较好的效果。

图b也是甲基化特有的图，因为甲基化仅仅是一个探针坐标，在基因组不同区域有不一样的生物学意义，所以通常是会区分开来独立讨论， Figure 1B shows the proportion of all evaluated CpG sites and the significantly hyper- and hypo-methylated CpG sites by gene region.

甲基化芯片特有的差异展现方式

全文结束，全靠写生物学故事了

比如前面的20个病人的临床信息，可以总结成为三线表：

三线表

前面的上下调的甲基化位点和基因，也可以列表展现出来，进一步展现基因的功能注释，包括go和kegg数据库。

学徒作业

去TCGA数据库看这个Prostate癌症的甲基化芯片数据，从里面挑选全部的正常样品的甲基化数据集和对应数量的Prostate癌症的甲基化芯片数据，走前面介绍的文献里面的流程，拿到同样的图表！

甲基化背景知识

甲基化测序的 WGBS和RRBS，还有芯片是最高频的甲基化技术，其中甲基化芯片数据处理我是有视频课程的，首先需要阅读我在生信技能树的甲基化系列教程，目录如下：

甲基化芯片标准差异分析图表

病人队列介绍

标准差异分析应该是有火山图和热图

甲基化芯片特有的差异展现方式

全文结束，全靠写生物学故事了

学徒作业

甲基化背景知识

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