16s分析之Qiime质控+去除嵌合体

Qiime质控很快，但是去除嵌合体就不那么迅速了，上次16s分析之Qiime序列拼接没有给出数据和运行界面，可能体验会差一些，这次我给加上；

先说说质控命令：

split_libraries_fastq.py -i input_folder -ooutput_folder

参数设置参照：

  • -q 该命令是质量控制参数，一般是19，20更好

  • -p 质量控制要求，默认0.75，

  • multiple_split_libraries_fastq.py -i lxdjhg_join_zz -o lxdjhg_split --demultiplexing_methodsampleid_by_file -p ./lxdjhg/mel_peir.txt

质控参数文件设置参考：

  • phred_quality_threshold: 19

下面开始运行：

参数文件我设置、（当然可以根据数据修改）：

命令输入：

  • multiple_split_libraries_fastq.py -i ./gzhcs_join2 -o gzhcs_split--demultiplexing_method sampleid_by_file -p ./mel_peir.txt

下面是运行界面（Terminal输入操命令过多会很繁杂，可以输入clear：清楚当前界面）：

结果展示，这条质控命令会将所有分开的文件全部合并在一起，并且序列都会编号好：

去除嵌合体，我们下载一个gold.fa数据库,下载网址：

http:// drive5. com/uchime/gold.fa

另外，我们下载usearch61，下载地址，下载下来修改名称为usearch61：

http://www.drive5.com/usearch/download.html

下面基于对我们的Qiime安装usearch61：

请先进入根目录：

  • su

界面在password里面输入密码qiime：

将文件复制到/usr/bin/下：

  • mv ~/Desktop/Shared_Folder/usearch61 /usr/bin/

运行：

  • sudo chmod +x /usr/bin/usearch61

  • source ~/.bashrc

即可安装成功输入usearch61，即可显示相关信息：

Qiime上去除嵌合体命令如下：

  • identify_chimeric_seqs.py -m ChimeraSlayer -i seqs.fna -a/home/qiime/Desktop/gold.fa -o chimeric_seqs_cs.txt

参数参考设置：

  •        -m ChimeraSlayer调用方法，还有usearch61可以使用

两种方法，ChimeraSlayer会很慢，但是usearch61会很快，那种好，我也不好说，但是我一般用usearch61

下面开始输入命令：

identify_chimeric_seqs.py -m usearch61 -i~/Desktop/gzhcs_split/seqs.fna -r /home/qiime/Desktop/Shared_Folder/gold.fa -ogzhcs_usearch61_chimera_checking/

运行界面：

跑完界面文件：

里面的chimeras.txt文件即为嵌合体文件我们运行下一条命令去除这些嵌合体：

下面我们将嵌合体过滤：

  • filter_fasta.py -f ~/Desktop/gzhcs_split/seqs.fna -oseqs_chimeras_filtered.fna -s /home/qiime/Desktop/gzhcs_usearch61_chimera_checking/chimeras.txt–n

参数简介：

  •        -s 嵌合体序列文件路径

  •        -n去除名单中的序列

命令界面：

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