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一、神经系统：当练功人进到入静状态时，脑电图发生显著变化，与睡眠安静状态完全不同;大脑皮层主动性抑制增强与扩散，进一步可使感知觉发生改变;调节内脏活动的植物神经系统发生改变，表现为交感神经的兴奋性降低，副交感神经的兴奋性增强，受其支配的内脏功能发生改变，例如泪腺分泌增多，口腔稀薄唾液增多等。
“静坐能影响脑部活动，尤其大脑边缘的神经系统，新陈代谢。血压、呼吸和心跳速率会随之放慢。”班森在《松静反应》一书中这样论述。静坐还能抵消人们在面临压力时产生的攻击、逃跑反应，并进入沉静、安详的状态。 宾州大学的神经学家们发现，当人体进入深层冥想状态时，脑部的运作其实并没有关闭，大脑枕叶活动虽然会减弱，但位于脑前区域的额叶活动反而会有所增强。其中，额叶与人类的智力活动有关。随着呼吸、心跳渐缓，你会变得格外清明、松弛。这是因为人体在平静下来之后，脑细胞会开始分泌脑内啡、血清素，以及其它也许科学家还没发现的物质，这些都是帮助人体进行放松、平静的重要元素。
二、循环系统：见到心率减慢，血压多降低，周身微循环改善;心脏收缩时间间期发生有益的变化，心电图T波幅度增高。实验证明，静坐入静对脑血流量有双向调节作用，即脑血流不足之增加，偏高之降低，恢复到正常范围。对入静状态下意守不同部位的多导血流同步定量观察(包括每搏输出量、脑血流量、上肢和下肢血流量)，发现通过意守可直接影响血液循环，完成血流量的再分配。
三、呼吸系统：入静状态下，呼吸逐渐变得柔和、细缓、均匀、深长，呼吸频率变慢;肺活量增大，使氧气的更新率提高，毛细血管通透性增强，气体交换率增加。 美国伊利诺斯大学的科学家们对40名学生进行静坐生理实验观察表明：只要静坐5至10分钟，血压降低、心跳次数减少，氧气消耗量比平时少了17％，而这个数值相当于深睡7个小时后的变化，同时发现受试者血液中被称为“疲劳素”的乳酸浓度，也在不同程度上有所下降。二氧化碳与血清乳酸量的分泌也有所下降。研究人员还说：“如每天静思两次、每次20分钟，这是预防和治疗心血管疾病的有效方法，并可用做传统心脏病治疗的辅助手段。”
四、消化系统：入静后，胃肠活动增强，胃电增加，消化吸收能力增强，肠鸣作响，排气增多;胆汁分泌活动增强。 五、内分泌系统：入静状态下对内分泌系统的影响是多方面的。可使血浆核苷酸水平发生变化，CAMP/CGMP比值趋向正常，为静坐的“平秘阴阳”作用提供了依据。
六、免疫系统：科学家通付临床试验发现，静坐与人体的免疫力也有着一定的内在联系。有关的科研人员为数名受试的静坐爱好者注射了感冒疫苗，然后测量他们血液内的抗体指数以及脑部波动的变化。结果发现，这些有静坐习惯的人脑部左额叶的活动很强，并且免疫反应颇佳，不论在注射疫苗的第4周或第8周，他们体内产生的抗体一直很充分。
压力与免疫力的关联已经普遍地为人们所共和。一个人如果所面对的压力过大时，他（她）的免疫能力会大幅降低，因而容易生病。而一份愉悦的心情，则能激活人体的免疫系统，从而增强了肌体的抵抗能力，并且对于病中患者的康复有很大的助益。而静坐所直接带动的恰恰就是肌体的放松和压力的减低，同时促进脑部活动与免疫机能。
科学家发现，静坐时大脑中出现的大量α波，可很明显的促进一种荷尔蒙激素的增长，从而会使血管扩大和血液畅通，会使人体机构组织细胞进行新陈代谢不可缺少的物质——三磷酸腺甙明显增高，会大大增加人体的免疫功能。关于静坐的神奇功效，还有一个有趣的现象，即将接受手术的病患在手术进行之前如果能静坐2分钟的话，可以使病人的焦虑感降低、心情变平缓，这能接间地使病人的血压降低、流血量较少，开刀时间也会跟着大大缩短，促进手术的顺利完成。由安大略癌症研究中心资深科学家康宁罕医师所领导的研究，共测试二十二名癌症末期病患。此一研究结果势必将对不相信东方传统医疗与心理疗法效果的西医带来挑战。 康宁罕及其小组的研究工作始於六年前。接受研究的二十二名癌症末期病人根据医学观点都只有十二个月的生命。他们年龄从三十一至六十七岁不等，分别罹患肺癌，前列腺癌，乳癌及胰脏癌等。 二十二名接受测试的病人每周均须参与康宁罕医师研究小组规定的静坐课程。经过一段时间後，研究小组再依照病人静坐深入的程度将病人分成三组。 结果，静坐进入程度较浅的病人确实十二个月内便死亡，不过，静坐程度较深的病人存活时间竟然比医生预估的时间延长三倍。更令人惊讶的是，有两名癌症末期病人竟然霍然而愈。α波是表示一种无焦虑、无紧张的状态，当一个人坐轻微静坐时，他的脑波会从β波转成α波。一般人在睡觉时才会有θ波产生，但在较深沈的静坐时，脑波大部分是θ波，且与潜意识心灵相关联。
当静坐变得更深沈时，θ波将会变成δ波。透过静坐的训练，头脑将被有系统地再造成为较健康、较协调的状态。科学的实验证明，静坐可减少沮丧、压力、冷漠、头痛、失眠和心不在焉，且能增加注意力及记忆力。自主神经系统（控制人体内部机能的部分神经）是与人脑的下视丘相连，它是由中脑的边缘系统所控制。静坐能影响一个人的中脑，并且稳定下视丘及人的情绪。人脑的结构与核桃相似，可分成两个部分。左半边控制右半边的身体，右半边控制左边的身体。人的左脑是属于分析、逻辑和理性的，所以是倾向于科学及数学。而右脑是属于直觉和创造性的，所以是倾向于音乐和艺术。随着科学和技术的发达，我们忽略了右脑的发展。所以，为了使智力和直觉的发展谐调一致，练习静坐就是必须的了。由于脑部不同部位的缺乏整合，导致身体功能的不稳定。当脑的不同部分功能不协调时，紧张与疾病就会产生。而借着静坐我们可以避免这些问题。静坐可以增加我们的集中力，减少沮丧、痛苦及挫折。静坐者发现内在世界才是人类精细快乐的源头。
当人在静坐时，会增加百分之三十五的血液流到脑部。而提供给脑部的血量大小，与我们的心灵能力有密切的关系。而且当血量增加时，相对的氧量就会增加，如此一来，脑部的功能也获得改善。静坐也能使我们身体得到较多的休息，因为静坐时人体内氧的水平会降低百分之二十，人会感觉到完全的松弛。西方类似这样以科学的态度和严谨方法研究静坐的如雨后春笋般的展开，有兴趣的朋友多参考！增加对老祖宗传统文化的信心！
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