SEER文献精读|从顶级期刊JAMA学习的点点滴滴
欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA、GEO, SEER数据挖掘。
分享文献精读,2015年发表在JAMA杂志上的原创论著,影响因子50+。
摘要
目标明确,没有废话,没有拖泥带水。重要性,目的,设计,研究队列,随访时间。数据来源于 SEER数据库,2004-2011年的数据,研究了早期乳腺癌,种族,分型,肿瘤大小。
回答的问题是哪些人更容易诊断stage I, 在small sized的种族上的生存差异。
方法学怎么写
我们里看作者是怎么写方法学部分的,首先报告数据来源,经过伦理委员会同意,SEER数据申请许可。
报告数据选择,筛选了哪些变量进入分析:
关键状态的设定报告:
统计分析部分怎么写
统计分析这部分非常值得大家学习,学习一些专用的表达,
对于描述性分析,
· Descriptive statisticswere used to examine the following baseline characteristics of xx cases: xxx
variables(描述了哪些变量的基线数据)
· For some subgroup analyses, we selected women whose xxcancer were xxx
卡方检验用于描述亚组的频数分布
多因素logistic回归分析
· we performed multivariable logistic regression to estimate the ORs, adjusted for xx variables in the analysis.
· To assess xx, we determined xx according to xx
多因素Cox回归
· 交代 breast cancer-specific survival如何定义
· We performed a Cox proportional hazards regression analysis to examine the association of xx , xx, xx, and xx with the hazard ratio (HR) of death in patients with xx.
· We performed bivariable (unadjusted) and multivariable (adjusted) analyses
log-rank test
· The difference in survival across strata was compared with the log-rank test.
· A P value of .05 or lesswas considered statistically significant.
· All P valueswere 2-tailed.
· All statistical analyses were performed using xx software version xx
结果部分
首先是汇报Descriptive Statistics,The demographic and clinical characteristics of the study population according to xx group appear in Table 1. 按照 xx group分组呈现基线数据。
Logistic回归
这里作者只展示了部分变量,为什么没有PR, HER2, stage变量呢?我看了一下好像作者也没说为什么?
只说了根据不同的年龄分组的结果放在补充文件当中
small-sized 病人出现转移研究
展示分布情况,一个描述性的展示。
多因素Cox生存分析
值得注意的是这里作者对种族的分类用了两个model。
肿瘤直径<2cm肿瘤特异生存时间的Cox
Discussion
讨论部分一直都是我所喜欢的部分,
· The goal of xx is to xx, it is important to xx, We found that (告诉大家我们发现了什么)……
总结思考
· 选题,贴近临床,对临床意义(乳腺癌的早期诊断),生存
· 文章方法学,统计方法上并没有什么特别之处(大家都能做),重在思考,idea的设计上。为什么人家能发在影响因子50+的顶级期刊上,我们却经常看到2-3分的文章? 这也是很值得我们深思的问题。
· 文章总体设计回顾
– 研究对象早期乳腺癌(stage1)
– 重点研究种族,年龄,Tumor size
– Logistic分析比较风险,Cox分析比较生存风险
这次的临床研究文献精读就到这里,希望在我自己学习的同时,也对大家有帮助,我是老朋友白介素2,下期再见。
参考文献
Differences in Breast Cancer Stage at Diagnosis and Cancer-Specific Survival by Race and Ethnicity in the United States
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