有神论的进化观——《上帝的语言》
1992年11月的秋天，在美国北卡罗来纳州某个小镇的小教堂里，一位中年男子正在祈祷。他祈求天主在他接下来的职业抉择上给他一个指引，因为他尚不能确定将要接受的这份工作对信仰有何意义。他想得到天主的帮助。他的祈祷一直持续到夜晚，在这个漫长的祈祷中并没有传来天主的话。然而，他却获得了意外的宁静。几天后，他决定接受这个工作——美国人类基因组工程计划的负责人的职务。他就是著名的分子生物学家弗兰西斯·柯林斯（Francis S.Collins）。
2000年6月26日，柯林斯在白宫大厅内，站在美国总统的旁边，宣布人类指导手册的草图已经完成，天主的语言得以揭示。2003年4月，沃森和克里克发表DNA双螺旋结构50周年纪念日，柯林斯代表人类基因组研究中心宣布已完成所有的目标。2009年8月7日，柯林斯经美国总统奥巴马提名，获得参议院一致同意，就任美国国立卫生院院长。同年10月14日，教宗本笃十六世任命柯林斯为梵蒂冈宗座科学院(The pontifical academy of sciences)院士。
教宗方济各与梵蒂冈宗座科学院院士们合影
这位可谓是全球最具权威的科学人士在其所著的《上帝的语言》一书中如此说道：“对于我这样一个基督徒来说，揭开人类基因组序列还有额外的意义。这本书由DNA语言写成，天主的声音让生命得以诞生。在探索这本最富意义的生物教科书时，我深感敬畏。”柯林斯说他写作这本书的目的即在于反思：对科学的现代理解如何才能与相信天主相协调。在这本书中，柯林斯提出两个非常重要的观点：1、面对进化论的提出以及科学证据的不断展现，基督徒不必采取完全拒绝的态度，也不必为了调和进化论而创设某种智能设计论，为了让这一切看起来逻辑自洽；2、柯林斯从自身的科学态度出发，提出有神论的进化论观点。对于基督徒来说，为了捍卫信仰而拒斥科学，这是非理智的表现。如果科学揭示的是自然规律的真实现象，那么科学必然也是指向真理的，我们没有任何理由拒绝科学的结论，否则就是在反对真理。
不必要的神学论点
1859年，达尔文撰写了《物种起源》。此书一出版发行便引起整个西方世界的激烈争论。人类到底是来自于天主的创造还是从低等生物进化而来？宗教与科学各自的捍卫者为此争论不休。直到21世纪的今天，美国仍然有不少人拒绝接受进化论的假说。随着生物考古学的探测和挖掘，越来越多的证据变得对达尔文的进化论有利。柯林斯以一个生物学家的立场很客观地讲了一些事实，“今天没有一个严肃的生物学家会怀疑进化论对生命奇妙的复杂性和多样性的解释。事实上，所有物种通过进化机制而相互关联恰恰是理解生物学的一种深厚基础，难以想象若是没有它，人们怎么来学习生物学。”进化作为一种生命生存的机制，而且是从自然界中真实观察到的这些进化机制，我们没有理由否认它。因为这些真实的自然现象并不意味着否定创造者的存在。
有些有神论者不接受进化论，而另一些有神论者则创设出一种调和的假说。通过化石记录得知，人类在5.5亿年前只有大量的单细胞生物的化石，突然在5.5亿年左右，大量不同种类的无脊椎动物模式出现于化石记录里。这个时期通常被称为“寒武纪大爆发”。于是，有些有神论者就认为，“寒武纪大爆发”就是某种超自然力量干涉的证据。早在1802年，就有一个叫威廉·佩里（William Paley）的人写过一本在当时极有影响力的书《自然神论》，著名的“钟表匠”类比就是出自此书。佩里的类比逻辑如下：一块钟表是复杂的——一块钟表有一个智慧的设计者；生命是复杂的——因此，生命也有一个智慧的设计者。这类富有吸引力的智慧设计论看似逻辑自洽，其实不然。甚至很多有神论者把此作为宗教与科学相调和的观点。在当下，更有升级版的佩里“钟表匠”论说——智能设计论。这种论点解释了复杂的生命如何在地球上形成以及天主在此过程中扮演了干预的角色。智能设计论的拥护者是拒绝进化论的，他们认为进化论倡导无神论，并且其致命缺陷在于它不能解释自然界内的复杂性。现在，智能设计论的论据是生物化学和细胞生物学。例如，迈克尔·贝希在《达尔文的黑匣子》里提出了很多论据，他感叹由数量惊人的细胞组成的完整器官以超出人类想象的方式构建而成；他从解剖学的机制来解释人体令人感到震撼的部分；他的论据集中于涉及多种蛋白质相互作用的复杂结构等。无疑，这一切在贝希眼里是令他惊奇的，他断言这类机制绝不可能通过自然选择而产生，必然有一个智能的设计者设计了这一切。这套理论看上去很“科学”也有极强的说服力，其实它的内核与佩里的“钟表匠”论说并没有区别。
用生物化学来解释就是科学的吗？柯林斯指出，这套智能设计论根本不是源于科学传统。所有的科学理论都是一种假说，这种假说要靠实验观察来证实或证伪，这才是科学的意义。一个科学理论的基本用途必须对未来具有前瞻性，能够预测其他的发现，并且还要为进一步的实验论证提供指导。在这一点上，智能设计论根本不是合格的科学理论，由于它借助超自然力量来解释生物体的复杂体系，在科学上它就只能是一条死胡同。把科学尚未解答的和不能解答的混为一谈，把未知的和不可知的相互混淆，就容易轻信智能设计论。柯林斯告诫说，把天主的干预引入科学未知的领域要特别小心。从中世纪的行星运转到今天的生命起源，历史证明诉诸于“天主干预”的论点常常带来的是对宗教信仰的伤害。面对自然知识和科学理论的不足，就急于用“天主干预”来填补这些不足的缺口可能产生严重的危机。我们不应该贸然创设这些不必要的神学论点。科学可以回答“生命怎么运作”的问题，但科学不能回答“为什么有生命”或“为什么我来到世界上”这类问题。有神论者不应该把信仰置于“天主干预”和智能设计论的假说之上。一个具有理性的有神论者不应该在这类问题和假说上用信仰来做赌注。
有神论的进化观：生命之道
如果我们要考察生命的复杂性及其起源，就必须深入了解当代古生物学、分子生物学和基因组学的革命所带来的关于生命性质的揭示。如果天主是全能的，我们就不用担心这种研究会贬损天主的神性。因为天主是世界的创造者，科学得来的任何发现都旨在发现天主的神妙与全能，科学到头来必然是指向天主的，这一点毋庸置疑。真理不会自相矛盾，鉴于此，我们毋需担心科学的进展会破坏宗教信仰。把科学与宗教对立起来，乃是人有限理性的所为，而且是一种极其狭隘的视角和思维。它使人变得不理性，失去了心智应有的深度和广度。另外一个极端就是用科学回答一切、解释一切，这显然不是科学的态度。科学不能解释人性、道德、爱与恨等等。把科学提升为真理并使其成为真理的全部，这显然是误入歧途。当然，自然世界与人文世界之间也不是简单的物质与精神的区分。没有精神，何来物质？没有哲学何来科学？
教宗若望保禄二世与史蒂芬·霍金
我们可以借鉴柯林斯提出的一种科学与宗教和谐共处的世界观，他称之为“有神论的进化观”，即生命之道。生命之道不是要去验证天主，而是要去回答科学所不能回答的问题，诸如“生命的意义是什么”、“我们死后会怎样”等。生命之道是用灵性的逻辑去回答，并非要否认科学发现的事实。正如1996年教宗若望保禄二世给宗座科学院院士的信中所指出的：“新发现导致我们不仅仅把进化看作一种假说……如果人类躯体起源于先前已经存在的生命物质，那么精神层面的灵魂就是直接由天主所创造。”
大爆炸理论、人存原理的出现，使得科学家们认真思索奇妙的宇宙是否出于天主的安排。霍金曾经感叹，像我们这样的宇宙，它源于大爆炸这样的事件，这种机会微乎其微，他认为这显然带有宗教涵义。另一位杰出的物理学家弗里曼·戴森（Freeman Dyson）思考了宇宙中一系列的“偶然事件”之后得出结论：“我对宇宙及其具体构造考察越多，我就找到越多的证据表明，在某种意义上，宇宙必定已经知道我们的出现。”
比起追逐真相，可能人类更需要的生存态度是敬畏。正如康德告诉我们的，有两种东西令他产生惊奇与敬畏：头上的星空与心中的道德律。人类懂得利用理性探索头上的星空，同样懂得运用灵性的逻辑追问心中的道德律。从星空到心灵，一个具有理性并热爱科学的人，必定会诚实地面对真理。在这样一个诚实的人身上，我们可以看见他的理性将被真理统一。