Cell Host & Microbe | 肠道和口腔微生物群落中的遗传信息分布
推荐：江舜尧
编译：艾奥里亚
编辑：十九
哈佛医学院的Chirag J. Patel（Department of Biomedical Informatics, Harvard Medical School）和乔斯林糖尿病中心的Aleksandar D. Kostic（Section on Pathophysiology and Molecular Pharmacology，Joslin Diabetes Center）于2019年8月14日联合在Cell Host & Microbe发表题目为《The Landscape of Genetic Content in the Gut and Oral Human Microbiome》的文章，该文章基于来自两个人体生态位的3,655个样本进行交叉meta分析，发现了惊人的微生物基因多样性，同时在宏基因组样本中发现50%的基因具有个体特异性或“singletons”的特点，基于研究结果提出，个体的微生物可以通过稀有的微生物菌株进行指纹识别。
文章摘要
尽管人们对人类微生物群落的物种多样性及其在疾病中的作用很感兴趣，但其遗传多样性（是识别人体与微生物相互作用的基础）的规模，尚未被量化。本研究中，我们对来自两个人体生态位(口腔和肠道)的宏基因组进行了交叉研究的Meta分析，涵盖了来自13项研究的3655个样本。我们在数据集中发现了惊人的遗传异质性，在95%的同一性水平上识别出总共45,666,334个非冗余基因(23,961,508个口腔基因和22,254,436个肠道基因)。所有基因中有50%是“singletons”（测序中获得的不能组装的单一read），或者是单一宏基因组样本所特有的。这种singletons因不同的功能而被富集(与非singletons相比)，并且起源于亚种群特定的微生物菌株。总体而言，这些结果为在微生物组衍生的人类表型中观察到的无法解释的异质性提供了潜在的基础。作为这些数据的基础之一，作者构建了一个可以在https://microbial-genes.bio.上访问的资源。
图片摘要
文章中重要图片说明
图1 口腔和肠道微生物群的Meta分析
图2 口腔和肠道微生物群落的遗传多样性
图3 已知和未知的口腔和肠道微生物群落功能多样性
图4 单细胞测序和非单细胞测序肠道与口腔的微生物功能富集
图5 亚种种群特有的稀有菌株的单种分类单元
图6 推断人类微生物群的基因含量
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