RNA甲基化靶标预测

之前我们推荐过一些和RNA甲基化有关的数据库。其中当时总结了四个基于测序来预测RNA甲基化靶标的数据库。前段时间想查一下相关靶标的时候，发现这四个数据库都成了这个样子了。。。。

另外随着时间的推移会有其他数据库的发表。因此，也就又检索了一下。所以也就发现了另外一个基于测序数据来预测RNA甲基化的数据库：m6a2Target (http://m6a2target.canceromics.org/#/home)。

所以今天也就顺带的来介绍一下这个数据库吧。

背景数据集介绍

由于是进行m6a靶向基因的检测。目前相关的检测都是基于m6a相关蛋白来进行检测的。所以数据库一开始就是要了解和m6a相关的蛋白都是哪些。最终作者发现了和人类有关的m6a相关蛋白22个以及和老鼠有关的m6a相关蛋白14个。

在确定了相关蛋白之后，作者在SRA以及GEO等数据库当中检测了相关的测序数据。对这些测序数据进行了统一流程化的分析。其中为了确定m6a对于mRNA的影响。还和RNA-seq等数据进行了交叉比较。最终就有了👇的分析流程。

另外由于测序数据的分析可能存在一定的偏差。作者也进行了文献的检索。收集具有实验的文章来确定低通量实验的具体结果。

数据库使用

数据库的使用，也就基于以上的的分类经过实验验证的靶标预测以及测序数据预测的靶标。同时还有一个总体的检测功能。在这里可以获得验证的和测序的所有的数据。

例如，我们在检索这里查询：EGFR。检索完之后，我们就可以获得所有相关的结果了。这里的结果主要是包括可以看到那个m6a相关蛋白的测序数据影响这个基因。

如果想要详细的查看这个数据集。可以点击Detail即可。

数据库使用场景

以上就是这个数据库的主要的功能。虽然很简单。但是还是很实用了。如果想要检索m6a相关靶标的可以用一下的。另外。这个数据库提供了所有数据的下载功能。如果有长期预测需要的，建议可以下载一份数据。这样万一数据库又关闭了。。那可就真的没有地方可以查询了。。