2000 引用的fastp推出重磅更新,再提速一倍
NGS数据分析的第一步永远是质量控制和预处理,以往类似的软件功能单一,速度慢,体验不佳。
为了解决这个问题,海普洛斯陈实富博士开发了开源的fastp,因为其速度奇快,功能强大,很快收到了用户们的喜爱。
新版fastp
获取方式
如果你还没有使用fastp,马上登陆项目的网址去了解并使用吧:
https://github.com/OpenGene/fastp
fastp可以通过多种方式安装,推荐使bioconda安装,请参考:
https://anaconda.org/bioconda/fastp
如果你喜欢自己捣鼓代码,可以选择自己编译;
如果你图简单,可以直接下载我们预编译好的版本:
最后,预告一下,fastp接下来的更新主要在单细胞数据和时空组学的数据预处理上。
海普洛斯也将大力进入单细胞和时空组学方面的科研服务。
如果您对单细胞和时空组学的研究感兴趣,或者您对加入海普洛斯做研发感兴趣,您可以联系海普洛斯(公众号留言,或者邮件至:info@haplox.com),或者联系陈博士的微信(微信号:opengene)。
附几个生信相关的招聘信息,恳请可爱的用户小伙伴们帮我们转发推广一下:
岗位一:单细胞组学/时空组学 生物信息工程师
岗位职责:
1、完成单细胞/空间转录组分析流程的设计、开发,维护、升级分析流程;
2、关注生物信息学领域最新科研动态,引进先进工具与分析方法;
3、负责单细胞项目的数据分析及数据挖掘;
4、对项目执行及售后问题提供解决方案;
任职要求:
1、生物信息学、计算机、数学等相关专业;
2、具有2年或以上单细胞数据分析经验;
3、熟练使用 Linux 系统,熟练使用 Python/Perl/R 中至少一种编程语言;
4、熟悉常用的生物信息学数据库,对生物统计学原理及意义有深刻应用能力;
5、有良好的英文阅读和文档写作能力;
6、有单细胞产品、分析流程开发经验,发表过相关论文者优先;
岗位二:生信注册工程师
岗位职责:
1.负责公司IVD产品、LDT产品、医疗器械软件产品研发方案的设计,执行,数据分析和SOP撰写。
2.负责在产品注册申报过程中的注册材料撰写。
3.负责在产品注册申报过程中的体系材料撰写。
4.产品在创新申报,注册检,临床试验和体系考核等环节的数据分析工作
4.负责IVD产品、LDT产品、医疗器械软件产品生产转化,与生产,市场,质量等部门的沟通。
任职要求:
1. 有2年以上生物信息工作经验,具有软件研发经验优先;
2. 熟悉python、R、perl等编程语言中的一种,具有良好的编程习惯;
3. 掌握Linux基础操作及常用指令,熟悉Linux开发环境和Shell编程;
4. 学习能力强,文献阅读能力强,可独立完成研发任务;
5. 掌握生物学基础知识,有统计学基础者优先;
6. 生物、数学、计算机等数理或IT类相关专业,本科及以上相关学历;
7. 具备良好的沟通能力与团队合作精神。
岗位三:生信研发工程师
职责描述:
1. 负责生物信息分析软件及算法的开发、维护、升级和优化;
2. 负责对开发完成的软件撰写开发说明书,负责申请相关软著专利并进行研发答辩;
3. 负责基于二代高通量测序数据的生物信息分析;
4. 负责新软件测试,对软件优势与劣势进行评估并出具评估报告;
5. 负责及时收集国内外肿瘤检测领域最新的技术动态,并基于此信息提出生信产品的开发与优化方向
任职要求:
1. 有2年以上生物信息工作经验,具有软件研发经验优先;
2. 熟悉python、R、perl等编程语言中的一种,具有良好的编程习惯;
3. 掌握Linux基础操作及常用指令,熟悉Linux开发环境和Shell编程;
4. 学习能力强,文献阅读能力强,可独立完成研发任务;
5. 掌握生物学基础知识,有统计学基础者优先;
6. 生物、数学、计算机等数理或IT类相关专业,本科及以上相关学历;
7. 具备良好的沟通能力与团队合作精神。