scRNA已经开发出超过1000款工具了，你用过几种？

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题目：Over 1000 tools reveal trends in the single-cell RNA-seq analysis landscape
日期：2021.8.14
链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.08.13.456196v1
工具列表：https://www.scrna-tools.org/tools

图1

• 这个网页从2016年开始搜集scRNA的分析工具，截止到2021.8.12，搜集了1027款
• 从2018年开始，增速明显，按这个趋势到2022年预计会有1500款，2025年会有3000款
• 大约三分之二的工具至少有一篇peer-review的文章，四分之一有预印本
• 可视化、降维聚类是工具开发的前沿阵地，像是多样本整合、轨迹推断也逐渐成为了标准流程，不过更高级的分析比如罕见细胞类型鉴定、可变剪切工具还较少
• 目前的多面手主要是seurat、scanpy，更多的工具主要集中在某一种或某几种分析

图2

• R工具目前还是居多，但越来越多的工具采用python开发，而基于R的开发数量正在下降；因为单细胞数据量和复杂度都在逐步提高，而性能方面的优势使得python逐渐提升