16s分析之Qiime序列拼接
摘要：
join_paired_ends.py：该命令默认调用fastq-join，因此可以不用设置-m选项，若选用SeqPrep则需要设定-m选项
-m调用方法fastq-join, SeqPrep这两种方法，有人表示：fastq-join方法速度更快，但是SeqPrep拼接结果更好；
若想详细了解这两种参数，请参照：
fastq-join：
http://code.google.com/p/ea-utils
SeqPrep：
https://github.com/jstjohn/SeqPrep
如果采用fastq-join这种方法拼接，则设置参数如下：
-p：最多容忍overlap错配最高百分比，该选项只有选用fastq-join方法是才设定，从1到100的整数，一般设定10就差不多了
-j ：最小overlap的长度，一般10个差不多，根据自己的样品
如果采用SeqPrep这种方法拼接，则设置参数如下：
-n：最小匹配率，一般设置成0.9；参数值在0-1之间
-g：最大允许错配率；参数值在0-1之间
命令：
l multiple_join_paired_ends.py-i input_files -o output_folder -pjoin.txt --include_input_dir_path
--include_input_dir_path该选项为将输出目录文件名命名为输入文件名
-p，是参数文件的设置，fastq-join这种方法参数文件设置：
perc_max_diff:10#-p的全称，在全英文输入法状态输入冒号，并且加空格
min_overlap:10#-j的全称
每个参数使用一行，编写完成后，保存为txt文件；
如果采用SeqPrep这种方法参数文件设置：
min_frac_match: 0.9#-n最小匹配率，一般设置成0.9；参数值在0-1之间。
max_good_mismatch： 0.1#-g最大允许错配率；参数值在0-1之间。
每个参数使用一行，编写完成后，保存为txt文件；
每个输出文件一共有三个：
fastq-join方法输出：
“*.join”: 拼接好的
“*.un1”: 未匹配上的
“*.un2”: 未匹配上的
SeqPrep方法输出：
“*_assembled.gz”: 拼接好的
“*_unassembled_R1.gz”: 未匹配上的
“*_unassembled_R2.gz”: 未匹配上的
存在一个问题，当然我只是个菜鸟，可能在高手面前这不算问题：
每个样品拼接后都得到一个文件夹，然而里面的文件命名都是相同的，这就需要修改文件名了（可能是命令还有其他选项，我没有读懂，源地址：http://qiime.org/scripts/join_paired_ends.html），命令如下：
cplxdjhg_join/lxdjhgG01_R1_/fastqjoin.join.fastq lxdjhg_join_zz/G01.fq
单个书写命令过于繁琐，linus基础又不好的我，当时通过Excel批量书写命令：通过“&”链接不同文本，最后将命令复制运行即可。
批量连接结果结果如下：
复制进入qiime中，很快新的文件夹中变得到的全部拼接好的fq文件（以上命令最为新手我使用cp命令，而不是mv，大家可以使用mv命令，节省硬盘空间）
有话要说：
很多人基于windows系统通过vbox安装qiime1（由于qiime2已经发出好长时间，这里就将原来的qiime称为qiime1，以免误导大家），出现好多问题，我算是悲催的，出现问题巨多，当然我也积累了非常丰富的经验，就本帖子内容可能出现的问题，向大家做一个交代：
由于大家将测序数据存于Shared_Folder中，这样很可能无法运行multiple开头的命令错误信息最后一行大概就是：
OSError: [Errno 26] Textfile busy:'/home/qiime/Desktop/Shared_Folder/output_folder/lxdjhgBC2_S160_L001_R1_001/fastqjoin.un2'
这里解决办法就是：
将Shared_Folder另存到qiime1中的别的地方，命令参考：
mv -r lxdjhg ~/Desktop
-r：将整个文件全部内容复制到另一个位置
参考文献：
http://qiime.org/scripts/join_paired_ends.html