如何根据转录因子预测靶基因？

我们以前写过如何寻找基因的启动子和预测转录因子：（工具篇）：如何查找基因的启动子及预测转录因子？，今天我们反过来做一个事情：根据转录因子来预测靶基因。

其实我们知道很多转录因子的结合序列是相对保守的，这样我们就可以根据保守的序列进行预测，但是由于一般序列比较短，所以会预测到很多靶基因，这时我们一般通过CHIP-qPCR来反过来进行验证。好下面我们来介绍这个数据库：

GTRD （Gene Tranion Regulation Database）：http://gtrd.biouml.org/

我们可以直接通过单击Start开始：

界面右侧的红框里面是我们可以设置的。这里我们直接举例说明，比如我们想完成两个事情：

（1）看lncRNA HOTAIR基因上转录因子SMAD1的结合情况；

（2）预测转录因子SMAD1的靶基因；

（1）我们在advanced search中输入物种、dataset、cell line、treatment、max gene distance和output type分别如图：

然后单击Run，在新打开的界面中可以看到HOTAIR和SMAD1的结合位点:

我们可以单击TF binding sites：open table：

查看具体信息：

如果我们想看所有转录因子的情况，在前面tranion factor里面选择any即可：

这样我们就可以同时看到转录因子结合位点与峰高（peaks）了：

（2）预测SMAD1的靶基因：

直接在advanced search里面选择SMAD1，

单击Run：

上图红框就是预测到的靶基因，结果可以导出：

选择导出格式：

我们看到一共有33522条：

这是导出的结果：

我们可以通过ID转换工具进行转换，方法见这两篇文章：

转换过后的格式是这样的：

网站是好用，就是太多了，最后还是要结合ChIP-seq的数据来看