如何鉴定质粒DNA浓度和纯度?

我们使用水平琼脂糖凝胶电泳,并在胶中加入0.5ug/ml的EB,加入一个已知浓度的标准样品。电泳结束后在紫外灯下比较亮度,判断浓度和纯度。此方法可以更直接、准确地判断样品中是否含有染色体DNA、RNA等,也可以鉴别抽提的质粒DNA的不同构型。

质粒DNA的3种构型是指在抽提质粒DNA过程中,由于各种原因的影响,使得超螺旋的共价闭合环状的质粒(SC)的一条链断裂,变成开环状(OC)分子,如果两条链发生断裂,就变成线状(L)。这3种分子有不同的迁移率,通常,超螺旋(SC)迁移速度最快,其次是线状(L)分子,最慢为开环状(OC)分子。使用紫外分光光度计检测,或者用EB-标准浓度DNA比较法只能检测抽提到的产物中的浓度,甚至由于抽提的质粒DNA中含有RNA、蛋白质、染色体DNA等因素的干扰,浓度检测的数值也是没有多少意义的。

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