科研软件系列：如何用Graphpad prism制作物种相对丰度图

上一期给大家介绍了用Graphpadprism绘制细胞周期图，不知道大家学会了没有。今天这期小编想给大家介绍如何使用Graphpad prism绘制另外一种常用的叠加柱状图——物种相对丰度图，它在微生物菌群分析中是非常常见的，话不多说，我们先来看一下成品图。

接下来，就具体为大家说一下是怎么做出来的，虽然叠加柱状图中带有柱状图，但本质上是聚类图，所以应该选择grouped；

接下来输入示例数据，点击左下角data 1；

选择Summarydata下的第三个，叠加柱状图；

这样就生成了一个粗略的图，从图中可以看出，不同组别中不同物种的丰度，但是文章中常用的是物种的相对丰度图，这就体现了prism的数据处理功能了；

首先，我们需要把输入的数据处理成相对丰度值，打开输入的数据，点击analyze，在弹出的对话框中将计算方法选为fraction of total（占总体的比例），点击OK；

接下来在弹出的对话框中，计算方式选择row total（按行计算），结果展示选择percentage（以百分数的形式展示）；

这样数据就重新进行了计算；得到新的计算结果后，点击左侧graphs下方的newgraph，

在弹出的对话框中选择处理后的数据，生成新的graph；

这样就生成了一个粗略的相对丰度图；

接下来对其进行更改，坐标轴，柱子的更改方法上期都有介绍，这里就不一一赘述了，更改完是这样的；

在这里还要特别说的一点是，通常文章中习惯将unidentified/unclassified Bacteria（未分类/为鉴定的细菌）放在底下，这个也是可以调节的，选择下图中红框位置，可以反转柱状图的堆叠顺序（reverse order of data sets）以及相应的图例顺序（reverselegends order）；

这样物种相对丰度图就做好啦。最后就是导出，选择file—export，在弹出的对话框中可以选择保存格式，分辨率，位置等信息，一般文章都会要求矢量图格式，常用的是TIF或者JPG格式。