conda管理C源代码程序的时候总是出现库文件冲突或者缺失
现在初学者都喜欢使用conda来管理软件环境,安装方法代码如下:
#一路yes下去
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
## 安装好conda后需要设置镜像。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda create -n atac -y python=2 bwa
其中最常用的samtools却总是报错,安装方法如下:
conda activate atac
conda install -y samtools
报错如下:
samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
好不容易才把samtools安装了指定版本后解决了bugs,解决方法代码如下:
conda search samtools
conda install -y samtools=1.11
# 另外我搜索到另外一个解决方案:conda install samtools openssl=1.0
但是另外一个软件(sambamba)又开始作妖:
sambamba: error while loading shared libraries: libphobos2-ldc-shared.so.81: cannot open shared object file: No such file or directory
同样的,也是需要安装指定版本软件,才能避免报错啊!
conda search sambamba
conda install sambamba=0.6.6
考大家一个问题
下面的报错截图,你点评一下:
如果你搞不定,说明你的Linux认知不够,建议看完基于Linux的NGS数据处理:
Linux的6个阶段也跨越过去 ,一般来说,每个阶段都需要至少一天以上的学习:
第1阶段:把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅,主要目的就是去可视化,熟悉黑白命令行界面,可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。 第2阶段:做到文本文件的表格化处理,类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余,查找,切割,替换,合并,补齐,熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。 第3阶段:元字符,通配符及shell中的各种扩展,从此linux操作不再神秘! 第4阶段:高级目录管理:软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量。 第5阶段:任务提交及批处理,脚本编写解放你的双手。 第6阶段:软件安装及conda管理,让linux系统实用性放飞自我。
没有这些基础知识,后面啥资料啥福利你都享用不了!!!