IGV-基因组浏览器-改造记录（四）

写在前面

前述，我们已经对IGV进行了超过三次改造，同时我也写了三个推送。写IGV改造系列推送的主要原因，事实是作为课题组成员使用改造的IGV时的参考教程。
在上一次RNAfold的窗口上，我们增加了二级结构上每个碱基覆盖深度的深浅着色。依据惯例，我会发一条朋友圈，同时附上评论信息：似乎已经没有特别值得改造的地方了。天真如我，我收到了这么一个评论：

增加实时计算Track的繁琐之处

在IGV中，伴随窗口滑动，实时更新的Track主要有三个：

1. Alignment，即reads的比对位置（这个是默认的Track）

2. Coverage，覆盖率，只要是输入测序数据bam/sam文件，那么可以调出这个Track

3. Junction，read的断开位置的Track，可以很好的判断可变剪接或SV

实现这类Track的繁琐有二：1. 数据的获取和整理；2. Track的初始化和菜单的增加和调整
在前述，我们已经增加过一个ReadLenTrack，实现的过程是，获取当前区域所有的alignment信息，重新整理计算，随后更新。
而菜单的增加和调整，需要参考CoverageTrack....

在ReadLenTrack经验的基础上，我们可以简单一些地基于上次修改的位置，添加PhasScoreTrack.

PhasScoreTrack的开启方式

时间有限，我暂时并没有像ReadLenTrack一样，增加不同Track之间的互相开启关闭摁钮。在这次修改中，我仅仅在Alignment Track的右键菜单上增加一个开关。如下

从图中可见，绿色箭头对应的是前述增加的ReadLenTrack。从ReadLenTrack来看，这是一个非常明显的21nt的Phas位点；红色箭头对应的是本次增加的PhasScoreTrack。开启这个Track时，我们可以看到21nt的Phasing Score显示。伴随窗口的移动，会进行实时计算并展示。

相关使用方式

植物的phasiRNAs主要有21nt 和 24 nt的两类，但我们并不能保证，不存在22nt 更或者是 23 nt的... 于是在PhasScoreTrack的右键菜单，我们增加一个调整功能，用户可调整PhasLen，以从不同的phas长度观测数据

写在后面

......我想，IGV改造应该暂时告一段落了。事实上，有一个增加了的可以极大地加速sRNA数据可视化的隐藏功能，我暂时没有推出。留作后续调整。

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在家里呆了几天，我发现我增加了两个业务：