植物基因组进化与Python绘图私人定制-bioinformatics*中国-第三季seminar第三讲

植物基因组进化与Python绘图私人定制

bioinformatics*中国 第三季seminar第三讲

（！强调，所有seminar考虑到内容与主讲人课题可能冲突，没有录播）

老时间，老地方见

（2018年02月04日晚上20点整 群视频）

以下，是“强行要求”主讲人写的本讲内容介绍

基因组进化是基因组的结构（序列）或大小随时间变化过程。基因组进化的研究涉及多个领域，如基因组的结构分析，基因和古代基因组重复，多倍体和比较基因组学（我大概是做这个的）。

接下来说点儿什么呢，要不说说我们的分析流程吧！（老板不会打死我吧）

首先，选择你想要做的科属（基因组数据一定要找全，数据也要是新版本（更新数据和添加数据很烦的）；

其次，做个点图（看一下基因组结构，尤其是加倍关系，这里是可以看清楚的），再做个共线性分析，结合点图，生成一个叫同源共线性列表的东西，这是个好东西，有了它，可以分析基因的保留丢失，也可以弄；

然后，dating（回归进化主题，做这个没啥意思，就比谁说的准），我们用Ks，也有人用4Dtv。加倍事件和物种分歧事件时间写一写，就ok。

最后，可以做物种的分化演化规律，如推测祖先染色体，做不同加倍事件基因功能的保留偏向等（这些都做了，文章篇幅小心过长）。

下边是分析流程中，分析的结果展示（python可视化的内容）

以上分析流程说不定也适合刚出炉没见光的基因组数据（这是啥，没见过，好吃不）

如果没看懂，可以参考下面两篇文章（贴了这个，老板可能就不打死我了）

• Hierarchically Aligning 10 Legume GenomesEstablishes a Family-Level Genomics Platform

• An Overlooked Paleotetraploidization inCucurbitaceae

除了豆科，葫芦科（毕业课题），对十字花科，茄科，禾本科，蔷薇科等植物基因组进化也可以做嘛！（友情提示，以上提到的科属尽量别选）

Python可视化——私人定制

数据处理（pandas，numpy）+绘图（matplotlib）=美女照片（百看不厌）

文章发不了CNS，但是，作图上，要有一颗达到nature水平的心。每一张漂亮的图背后，都隐藏着绘图人的汗水，有时候，简单的调颜色，就可能花费一两个小时。具体细节，周日见喽！

（这个只能看看，不开车）

我可能就会这点儿了，身体被掏空的赶脚。

来，“本小编”也要来了主讲人的赞赏码，

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