工具 | 用R快速制作heatmap图，一学就会！

作者：解螺旋.冬至 解螺旋原创

转载请注明来源：解螺旋，医生科研助手

这个heatmap图是不是很炫？知道是怎么做出来的吗？想学跟我来吧！

1、首先下载R（https://www.r-project.org/）

根据自己的系统选择适合的版本安装

2、安装pheapmap程序包

由于我的是mac OS X版本，下面以Mac OS X版本示范安装pheapmap程序包。

打开R，菜单里面选择Packages & Data 下面的Package Installer，如果没有任何下面的Package选择，选择Get List，选择离我们最近的站点。在左侧Package Search里面搜索pheatmap，点击install selected。

3、准备数据文件

在Excel里面输入所需要画heatmap图数据，第一列为名称，后面的为均一化之后的数值。二代测序的表达量差异的结果，芯片表达差异的结果，甚至是qPCR的结果都可以。

然后将整理好的Excel文件另存为制表符分割的文本.txt，命名为all.txt。

打开all.txt确定一下，是否正确。

4 、制作heatmap图

启动R，先设置工作目录。选择菜单Misc里面的Change Working Directory，选择存放要做图的数据文件all.txt所在的文件夹。

复制输入以下代码，注意all.txt与文件名一致，miRNA_name与Excel里面第一列的名称一致，输出pdf的名称可以随意

data<-read.table('all.txt',head=T) #读入数据文件

attach=data

row.names(data)<-data$miRNA_name #提取行名

data<-data[,-1] #去除数据中的行名

data<-data.matrix(data) #转换为矩阵

library(pheatmap) #加载pheatmap函数

pdf('test.pdf', height=10, width=10) #将绘图输出到PDF

pheatmap(data,cluster_cols=FALSE,clustering_distance_row='correlation',clustering_method='complete',color=colorRampPalette(c('green','black','red')(100),revC=FALSE,scale='row',margins=c(5,10),fontsize_row=8,cellheight=10,cellwidth=30) #默认参数

dev.off()

回车,在设置的工作目录里找test.pdf文件，即是生成的heatmap图。

其中输出的pdf('test.pdf', height=10, width=10)，height, width可以根据图片大小自己调整


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