苹果采收后，潜叶蛾、螨类、卷叶蛾等开始在枝干、粗皮裂缝中以蛹、卵或幼虫越冬。所以，在果实采收后，要剪除病虫枝，刮除树干粗皮，捆绑草把诱集越冬害虫，收集后集中烧毁，以减少来年害虫基数。苹果绵蚜、桃小食心虫、金龟子等入秋后会潜入根系周围的土壤中越冬，结合秋季施肥，深翻树盘，将地面的病叶、残果、杂草及在其中越冬的害虫翻入土壤深处，使其下年不能出土危害，同时将土壤中越冬的害虫翻出地面冻死。
果园里边或附近放农具或废弃的房屋是茶翅蝽等害虫的理想越冬场所，在冬季或早春进行喷药或将房屋密闭后熏蒸，防治效果特别明显。
苹果枝干病害主要包括轮纹病、腐烂病、干腐病等，是影响果树生长、果品质量提高的重要病害，主要在成年结果树上发生，管理措施差的幼龄结果树也有发生。从病害的发生规律看，最佳用药时间是11月中下旬，春季萌芽前用药效果不好。结合刮树皮，将病斑或病瘤刮除后涂药。秋施基肥可以补充苹果采摘后树体营养亏损，特别是结果多、树势弱的树及早熟品种，早施基肥显得更为重要。一般在9月初至落叶前进行。肥料以腐熟的有机肥为主，化肥为辅，做到改土与供养相结合，迟效与速效相结合。在化肥中要氮、磷、钾配合，缺少微量元素的果园要有针对性地施入。采用2年深施1年浅施方法。深施时挖环状沟或放射状沟，沟宽25～30厘米、深50～60厘米，隔年挖沟的位置要错开，施肥后要覆土浇水。
一般在苹果采收后11月上旬进行。果园深翻可以增加土壤活土层厚度，改善通气条件，增加土壤中微生物的活动能力。而且通过深翻可以促发大量新根，提高根系活力，有利于养分和水分地吸收。翻土深度从树干根颈处向外围逐渐加深，树冠下部以20厘米左右为宜，树冠外围应加深到30～50厘米。深翻时遇到主根和粗大的侧根，可在树冠外围将根系切断，促发大量新根，同时深翻可杀死大量在土壤中越冬的害虫。有灌溉条件的果园，封冻前应在树盘内灌水，满足冬春对水分需要；没有灌溉条件的果园，也要进行园地耕翻，保蓄水分，安全越冬。冬前灌水可以提高果树抵御严寒的能力，满足果树来年春季生长发育所需求的水分。水的比热大，可以保持土壤比较稳定的温度，防止冻害。时间宜在11月中旬，气温在-3℃～10℃时进行。苹果树落叶前，对当年秋季所栽植的幼龄苹果树干套薄膜筒防寒，以利于安全越冬。有条件的苹果园，在幼龄苹果树落叶前，树干束草或麦草秸秆，不但有利于预防野兔等啃咬，而且有利于防寒越冬。苹果树落叶至土壤结冻前，配制涂白剂涂刷树干和主枝，可减少或避免果树日烧和冻害，消灭树干裂皮缝内的越冬害虫，同时具有防寒等作用。涂白剂的配制比例为：生石灰5～6公斤、食盐1公斤、水12.5公斤、展着剂0.05公斤、动物油0.15公斤、石硫合剂原液0.5公斤。涂白剂的浓度以涂在树干上不往下流、不结疙瘩、能薄薄粘上一层为宜。
