R绘图：唱一半的歌，画一半的图 gghalves
R绘图往期回顾：
R绘图：gggibbous，基于ggplot2的Moon charts
R绘图：ggeconodist，基于ggplot2的另类箱图
有的时候，只画一半的图，或者你一半我一半拼凑起来，会有意外的效果，而R包gghalves就可以在ggplot2的基础上，画一半的图.
多聚集数据的几何图形，如geomboxplot、geomviolin和geom_dotplot是（近）对称的。在显示信息的空间有限的情况下，我们可以通过将几何图形分割成两半并显示额外的几何图形
geom_half_boxplotgeom_half_violingeom_half_point
安装加载包
if(length(getOption("CRAN"))==0) options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")if(!require("gghalves")) BiocManager::install("gghalves")GeomHalfPoint
1 在x轴上，它们占据的空间最多是分配给特定因素的空间的一半
2 它们将总空间的左半部分或右半部分留给另一个geom使用
3 此外，默认情况下，geom_half_point水平和垂直抖动点。
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_point()ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_point()其工作方式是将transformation=PositionJitter传递给geom。我们可以通过传递transformation参数来使用此转换的默认值
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_point(transformation_params = list(height = 0, width = 0.001, seed = 1))或者改变转换参数本身
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_point(transformation = PositionIdentity)GeomHalfBoxplot
GeomHalfBoxplot显示一个被切成两半并在x轴上分配给特定因子空间的左侧或右侧绘制的boxplot。
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_boxplot()除了标准的side参数外，还可以将半盒绘图居中，并决定是否绘制errorbar。
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_boxplot(side = "r", center = TRUE, errorbar.draw = FALSE)GeomHalfViolin
半小提琴，除了side参数外，它还支持可以传递给标准geomviolin的所有参数。
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_violin()GeomHalfDotplot
GeomHalfDotplot与其他geoms略有不同，因为它不支持边参数，因为它已经通过stackdir内置到标准GeomDotplot中
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Width)) + geom_half_violin() + geom_dotplot(binaxis = "y", method="histodot", stackdir="up",binwidth=0.06)那么，既然geom_dotplot可以用作半geom，为什么需要geom_half_dotplot？原因是当存在多个因素时，geom_dotplot不支持回避。让我们考虑以下示例：
df <- data.frame(score = rgamma(150, 4, 1), gender = sample(c("M", "F"), 150, replace = TRUE), genotype = factor(sample(1:3, 150, replace = TRUE)))有了这些数据，我们想按基因型分组，但也要按性别划分图。这在使用标准geom时不太管用：
ggplot(df, aes(x = genotype, y = score, fill = gender)) + geom_half_violin() + geom_dotplot(binaxis = "y", method="histodot", stackdir="up", position = PositionDodge)点图与小提琴图实际上是重叠了
使用geom_half_dotplot
ggplot(df, aes(x = genotype, y = score, fill = gender)) + geom_half_violin() + geom_half_dotplot(method="histodot", stackdir="up",binwidth=0.3)Combining Different Geoms
library(tidyverse)ggplot() + geom_half_boxplot( data = iris %>% filter(Species=="setosa"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species), outlier.color = NA) + ggbeeswarm::geom_beeswarm( data = iris %>% filter(Species=="setosa"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species, color = Species), beeswarmArgs=list(side=+1) ) + geom_half_violin( data = iris %>% filter(Species=="versicolor"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species), side="r") + geom_half_dotplot( data = iris %>% filter(Species=="versicolor"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species), method="histodot", stackdir="down") + geom_half_boxplot( data = iris %>% filter(Species=="virginica"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species), side = "r", errorbar.draw = TRUE, outlier.color = NA) + geom_half_point( data = iris %>% filter(Species=="virginica"), aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species, color = Species), side = "l") + scale_fill_manual(values = c("setosa" = "#cba1d2", "versicolor"="#7067CF","virginica"="#B7C0EE")) + scale_color_manual(values = c("setosa" = "#cba1d2", "versicolor"="#7067CF","virginica"="#B7C0EE")) + theme(legend.position = "none")公众号“生信小课堂”
TCGA数据分析课程TCGA数据分析大全