用Calypso在线绘制热图、树状图及Krona图 / 开普饭

1. 文件导入

输入网址http://cgenome.net:8080/calypso-8.84/faces/uploadFiles.xhtml 进入Calypso文件导入界面（图1）。

图1

左侧框中是官网给的文件示例，右侧框中是文件上传框，共有四步，主要是第二步和第四步。第一步选择分析方式，包括标准分析和高级分析，默认是标准分析，可以跳过此步，保持默认值即可。第二步上传mappingfile文件，分为四种格式，包括basic, simple, v3, v6，复杂程度递增（详情见左侧红框中的官网示例）。如只需要做热图，可只上传basic格式，如需做树状图和Korna图，则建议上传v6格式。第三步要求上传Qiime2生成的taxonomy文件，如没有此文件可跳过此步。第四步上传数据文件，一般指OUT表，包括多种格式，具体格式示例见左侧黄框。上传成功后右侧框右下角出现next键，单击进行下一步。

2. 数据过滤和规范化

图2

此界面是数据的过滤和标准化，可根据需要更改框内参数，一般用默认值即可，设置完成后，单击右下角蓝色键Filter and Normalize，完成后右下角会出现next键，单击进行下一步（图2）。

3. 上传距离文件和选择数据库

图3

第一步是上传距离文件，如没有此文件可跳过此步。第二步是选择数据库，涉及到进化树的绘制和Krona图的生成，较重要。选择完成后，单击update taxonomy，确认所选数据库。然后单击右下角skip，进行下一步（图3）。

4 作图

数据上传处理完成后，进入如下界面（图4）。

图4

1）热图的绘制

选择上方蓝色工具栏Basic, 单击第一项Quantitative Visualization,在Type中选择HeatMap,进入如下界面（图5）。

图5

在此界面中，可设置热图的各种参数，如显示物种等级，热图颜色，分类信息，图像格式，图像尺寸等。如OTU数目太多，可选择reads数较多的OTU进行显示，默认值是前20个，可根据个人需要进行更改。参数设置完成后，单击蓝色键Draw Chat,即可出图。右键单击图片，选择图片另存为，即可保存。结果示例见图6。