4年前的TCGA重磅资料你学了吗

其中有一件事值得回忆一下，也想借此机会组建新的学习小组开启新的TCGA数据库挖掘之旅，学习小组在文末！

忆苦思甜

不过，忆苦思甜嘛，当初涨粉最多的就是：标准TCGA大文章需要哪些数据？[赠重磅资料] 在公众号粉丝数量不足一千的时候，居然取得了阅读量近万的佳绩！

当时写的是https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/ (本人已经写爬虫把所有TCGA在CNS的大文章的PDF及附件全部下载，请后台回复TCGA大文章获取！) 实际上呢，这个关键词现在仍然是有效的哦！

还有TCGA历年研讨会的全部资料！

image-20191128121106919

https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga/publications

全部文章都给到大家了，就是不知道大家学习的效果如何？有没有通过解读TCGA系列文章来获得生物信息学数据处理的认知呢？

关于TCGA数据库

众所周知,TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括：

  • DNA Sequencing

  • miRNA Sequencing

  • Protein Expression array

  • mRNA Sequencing

  • Total RNA Sequencing

  • Array-based Expression

  • DNA Methylation

  • Copy Number array

知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具，比如：

  • Broad Institute FireBrowse portal, The Broad Institute

  • cBioPortal for Cancer Genomics, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center

所以我挑选了部分，写了6个数据下载系列教程：

虽然说，教程是关于TCGA数据库的不同数据的下载，实际上是希望可以帮助大家认识TCGA数据库的全貌，然后根据大家的提问，我也扩充了部分常见的TCGA数据库用法：

还有泛癌系列解读

如果这些资料你都没有看也没有学，那么你可能需要~~~

新的学习小组

其实是年初我举行的肿瘤认知升级训练营，但是当初筛选标准太严格，而且确实没有让我眼前一亮的值得大力培养的后辈出现，所以就搁置了。

当时还设置了5个考核任务，希望调动大家主动学习的积极性，可是并没有设置好的跟踪反馈检查机制，让我这样的大忙人来搞这么具体的事情实在是太难了！

image-20191128122018794

但是肿瘤学研究，确实离不开TCGA数据库的认知，我还是希望更多的人参与学习！所以仍然是发布学习小组通知啦！

报名须知

学习内容: 共享一些TCGA相关文献和教程资料，督促大家从基础学起！

赞 (0)

相关推荐