【直播】我的基因组 44:比对文件画profile和heatmap图

就在昨天，一篇羞羞嗒的推送在各个群里炸开了锅。氮素，大家都是小清新啊

今天还是给大家规（wu）规（liao）矩（tou）矩（ding）讲一下比对文件怎样画profile和heatmap图。

这主要是针对于chip-seq数据分析的，但是针对全基因组测序数据呢，也可以说明一定的问题。

【直播】我的基因组 35：bam格式转化为bw格式看测序深度分布

我这里会采用deeptools这个软件来探究测序数据关于各种genomic feature的profile和heatmap，安装deeptools及使用方法见我的博客，我就不再赘述（复制该网址：http://www.bio-info-trainee.com/2136.html或查看原文均可）。

这时候，需要下载genomic feature的文件，这个软件要求的bed格式的基因组注释信息，下载方式如下：

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

这里运行的代码如下：

  1. date

  2. start=`date +%s`

  3. computeMatrix reference-point   -p 10  --referencePoint TSS -b 2000 -a 2000  -S ../*bw -R ~/annotation/CHIPseq/hg19/ucsc.refseq.bed --skipZeros -o TSS.mat.gz

  4. plotHeatmap -m TSS.mat.gz  -out TSS.merge.png

  5. plotProfile --dpi 720 -m TSS.mat.gz  -out TSS.profile.pdf --plotFileFormat pdf --perGroup

  6. plotHeatmap --dpi 720 -m TSS.mat.gz  -out TSS.merge.pdf --plotFileFormat pdf

  7. runtime=$((end-start))

  8. echo "Runtime for TSS was $runtime"

  9. date

  10. start=`date +%s`

  11. computeMatrix scale-regions  -p 5  -S ../*bw  -R ~/annotation/CHIPseq/hg19/ucsc.refseq.bed -b 3000 -a 3000 -m 5000 --skipZeros -o genebody.mat.gz

  12. plotHeatmap -m genebody.mat.gz  -out genebody.merge.png

  13. plotProfile --dpi 720 -m genebody.mat.gz  -out genebody.profile.pdf --plotFileFormat pdf --perGroup

  14. plotHeatmap --dpi 720 -m genebody.mat.gz  -out genebody.merge.pdf --plotFileFormat pdf

  15. runtime=$((end-start))

  16. echo "Runtime for genebody was $runtime"

第一个genomic feature就是TSS附近的测序深度图，很明显，这5个lane的数据量不一样，但是它们的pattern是高度相似的。它们在TSS附近是有一个测序深度的peaks的，是因为TSS附近的GC含量不一致导致。并不是通常CHIP-seq的富集效应。

但是，下面这个，就是一个典型的CHIP-seq的数据可视化结果，很明显，可以看到，那些IP，都是有着4~6倍的富集效应。但是 IgG 就没有，是正常的GC含量富集效应。

这就是本次直播介绍的知识点！

还有一个是genebody这个genomic feature的可视化结果，但是我自己目前也不是很懂，欢迎各位高手留言讨论。

文：Jimmy

图文编辑：吃瓜群众

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