聚友加入微生物系统发育专题理论和实战（试）

写在前面

微生物群落系统发育分析时目前以生态为目的的纯微生物组数据分析的最后一步，也是比较难理解的一个步骤。这个分析的基础假设微生物群落是一个整体，有在两大理论：中性过程，生态位理论的支持下，对群落系统发育多样性逐渐展开的一整套比较理论的分析。

内容主要解决一下几个问题：

• 微生物群落是否具有系统发育信号；

• 微生物群落是否符合中性理论模型。

• 微生物群落同零模型的关系。

• 微生物群落构建过程分析，包括随机性过程和确定性过程。

  beta-NTI。

• 将随机性过程和确定性过程展开，分析具体的扩散的过程和确定性因素。

  （RC-bray）

• 生态学构建过程同环境指标或者其他指标的相关关系探索。

重点解决一下几个问题

• 系统发育分析究竟适用于什么生态？

  多少种生态？

  什么生态不适用？

• 如何构造一棵合适系统发育分析的进化树？

• OTU数量和微生物门类等级对系统发育分析有和影响？

• 系统发育分析是否一定要有信号？

  什么样的信号可以分析，什么样的信号不可以分析？

• bNTI矩阵和rcBRAy矩阵如何同系统发育信号做相关分析？

• 目前以细菌群落为核心的生态学构建过程分析是否适合真菌群落，或者原生动物群落？

• 细菌真菌病毒，原生动物都是一个整体，就一个整体而言，系统发育可否可以分析，如何分析？

• 系统发育分析和微生物网络有没有关系？

  有什么关系？

• 群落定向发育，是否在微生物群落中存在系统发育特征OTU或者微生物门类？

  如何在系统发育分析中寻找这些微生物？

  相关前辈的做系统发育分析的代码目前微生信生物已经整理完善，大量的代码和原理的学习正在紧张展开，做生态的小伙伴相信已经等不及了。

  但是为了保证这批代码的有效性，维护微生信生物推送消息的质量。

  需要聚集一小批人员进行讨论测试验证。

  重点解决以上提出问题，和其他细节问题。因为代码已经构建完毕，主要在原理理解和分析过程优化，还有结果解读和展望。

  大家共同学习和掌握微生物系统发育分析。

由于这部分东西实在是小众，所以决定不在微生信生物大群群0-3中展现。特此构建小群进行完善。但整套成果在完善后将由微生信生物原创免费首发，服务全部微生信生物分析，由于群里有微生信生物编写整理完善的整7套全套代码。所以各位群友不可随意扩散发送。

特此创建微生物系统发育分析群聊。本群不需要很多人，但需要有强烈的学习信念。必须参与交流学习。为了鼓励交流尽快将本群成员掌握系统发育分析的全部内容，将设置进群费用（私信小编发送红包20元）和群内问题解决红包。预期2个月左右解决全部问题后群聊解散。

备注：进群红包不退不减，为单纯进群费用，不做任何承诺。