mNGS在中国首例鹦鹉热家庭暴发中的应用
近期，重庆医科大学附属第二医院呼吸与危重症医学科王导新教授研究团队在Emerging Microbes & Infections杂志(1区，IF=7.16)发表了题为“Metagenomic next-generation sequencing in the family outbreak of psittacosis: the first reported family outbreak of psittacosis in China under COVID-19”的研究文章，首次报道了中国首例家庭聚集性鹦鹉热衣原体肺炎。
鹦鹉热是由鹦鹉热衣原体引起的人畜共患传染病。当病原体从鸟类的分泌物、干粪便或羽毛上的灰尘中吸入时，就会传染给人类[3]。鹦鹉热衣原体现有的检测方法包括：血清学、鹦鹉热衣原体分离培养和分子检测。培养具有高度特异性，通常用于确诊，但大多作为其他检查的补充，并且只能在高级别生物安全实验室才能进行。因此，鹦鹉热衣原体的培养并不能作为常规检查在大多数诊断实验室和医院进行。血清学检测则在大多数文献报道中使用[4,5]，但在许多文章中出现了一些问题，如无法获得确诊病例所需的恢复期血清样本或第二份样本未能显示血清转换，这使得解释和结论很难[6]。分子检测学方法在近20年来才开始使用。其中，PCR方法最常用[7,8]。然而，在中国的大多数医院，包括许多三级医院，尚不能进行鹦鹉热衣原体的PCR检测。
近年来，另一种分子检测方法——宏基因组下一代测序（mNGS）进入了研究团队的视野。mNGS是一种新工具，它可以精确、快速地识别潜在的病原体，无论它们是细菌、病毒、真菌还是寄生。最近的研究强调，mNGS是最具前景的综合诊断感染，特别是重症监护病房（ICU）重症肺炎的方法。该方法能够客观、快速地检测越来越多的临床标本中的罕见病原微生物，无需特异性扩增，对于疑难病例的罕见病原微生物诊断具有优势[9,10]。
本研究使用mNGS的方法在48 h内鉴定出病原体为鹦鹉热衣原体（图4，5），从而快速获得了病原学确诊。
图5 Chlamydia psittaci鹦鹉热衣原体
查阅相关文献，这是我国首次报道的鹦鹉热家庭暴发，也可能是世界上首次报道的采用mNGS方法鉴定的鹦鹉热暴发。
鹦鹉热衣原体属于衣原体科，四环素类、大环内酯类、喹诺酮类抗生素均可用于治疗；四环素，包括盐酸四环素和多西环素，常作为鹦鹉热的一线治疗药物[11]。米诺环素作为第二代四环素类抗生素，最低抑菌浓度为0.03～0.06 mg/L，最低杀菌浓度为0.06～0.25 mg/L。由于疗效高、不良反应少，3例患者均采用米诺环素治疗[12]。所有患者对米诺环素反应迅速。
采用米诺环素治疗后，患者在3 d内发热消失，咳嗽、乏力、纳差等一般情况逐渐好转。白细胞计数和中性粒细胞百分比降至正常。降钙素原和C反应蛋白明显下降，接近正常水平（表1）。治疗2～3周后胸部CT上的渗出性病灶均明显吸收（图6）。
图6 米诺环素治疗前后患者胸部CT变化
参考文献
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作者简介
王导新
重庆医科大学附属第二医院呼吸与危重症医学科主任。
医学博士，教授，博士生导师，博士后导师 。
重庆市呼吸危重症医学研究中心负责人。
中华医学会呼吸病学分会委员，中华医学会呼吸病学分会危重症学组委员 ，中华预防医学会呼吸病预防与控制分会委员，重庆市医学会呼吸病专业委员会副主任委员。
重庆市首批医学领军人才 ，重庆市学术技术带头人。
国家自然基金评审专家；近年主持了国家自然基金4项、省部级课题3项、厅级课题8项 。
发表中文期刊论文110余篇，发表SCI论文30余篇。
获得重庆市“科技成果二等奖”1项，重庆市“科技进步三等奖”1项。
医学博士，副主任医师、副教授，硕士研究生导师，现就职于重庆医科大学附属第二医院呼吸与危重症医学科。 第四批重庆市中青年医学高端人才。 重庆肺癌防治联盟青年委员会委员。 主持完成科研课题2项，其中国家自然科学基金项目1项、重庆市卫生局面上项目1项；参与完成3项国家自然科学基金面上项目的课题研究工作；在国内外期刊发表多篇学术论文。 长期从事呼吸内科一线临床工作，在慢阻肺、支气管哮喘、肺部感染、肺癌等常见与多发疾病的诊治方面颇有经验。