基于重测序图谱精细定位大豆抗性基因

材料：

亲本： Magellan ×PI 438489B

子代：RIL群体（246个子代个体）

测序

亲本测序深度13.5X，子代 0.19X

性状

抗豆根受线虫病

246个重组自交系的Bin map，红色来自感病亲本，绿色来自抗性亲本。B图是A图基础上放大的效果图。白色的线是重组区（重组间隔），两个重组间隔之间即为一个Bin，以Bin为标记作图。

3509个bins，每个bin平均包含着31个SNPs，R/QTL 包构建连锁图，该连锁图覆盖了大豆基因组2314cM，平均图距为0.66cM。

定位结果

在群体足够大的情况下，采用重测序的方法测序定位效果会更加精细；寻找非同义突变位点，缩小候选区域；一步到位，直接获得候选区域序列信息。

标记层面

重测序可以高效开发双亲之间的SSR，InDel标记同时检测SV，CNV变异信息；SSR，InDel标记检测操作相对于CAPS，dCAPS标记更加容易，一般实验室就能顺利完成。

分析内容

可以与参考基因组和近缘物种进行共线性分析，尤其是与近缘种进行共线性分析时可以挑出同源片段，深入研究这些保守片段的分子结构和特点。

辅助组装

利用亲本的高深度序列信息（30X）可以完善参考基因组序列信息，辅助和纠错基因组装工作。

参考文献

Xu, X., et al. (2013). Pinpointing genes underlying the quantitative trait loci for root-knot nematode resistance in palaeopolyploid soybean by whole genome resequencing. PNAS, 110(33), 13469-74.