RNA结合蛋白，你了解多少?

RNA-蛋白复合物已成为许多关键细胞过程中的核心参与者，这些过程与健康和疾病具有重大关联。RNA-蛋白质复合物已成为我们对许多细胞途径及其相关疾病的理解的重要组成部分。随着对它们重要性的日益提高的认识，与RNA直接相互作用的蛋白质，RNA结合蛋白（RBP）越来越受到关注，不少发表的SCI也是针对RBP来进行后续分析。那么我手里有一个蛋白，如何知道是不是RBP呢，我也想写RBP的文章怎么办？

好啦，既然这么重要，那么小编今天就来给大家介绍一个识别RBP的数据库：RBP2GO（https://rbp2go.dkfz.de/），是一个包含所有当前可用的RBPs蛋白质组数据集的数据库。涵盖了从人类到细菌的13个物种的信息，包括53个研究和105个基础数据集，共识别出22552个RBP候选对象，致力于分析RNA结合蛋白，它们的相互作用和功能。

RBP2GO为每种物种提供了三个搜索选项，可以通过SEARCH SPECIES下的侧栏进行访问。可以从以下三个方面进行检索，每个项目输出结果如下图。

从RBP2GO主页的侧边栏菜单可以访问特定物种的搜索引擎。对于每种物种，三个搜索选项“蛋白质搜索”，“ GO搜索”和“高级搜索”可用，每个选项都包含用于输入搜索项的查询字段和其他选项，具体取决于该物种可用的数据类型。

1.   Protein Search

这里支持输入单个蛋白质。

例如，我们这里输入基因HNRNPC，提交后，会给出输入蛋白的评分（反映蛋白质成为RBP的可能性）。点击下图蓝色区域，可以得到5个方面的信息。

其中RBP2GO得分是根据该蛋白质在该物种的所有数据集中被列为RBP的频率以及与该蛋白互作的前10个互作蛋白（依据STRING得分）被列为RBP的频率的平均数计算的。蛋白质被列为RBP的频率与它的最高互作蛋白被列为RBP的频率之间呈正相关，即与多个RBP相互作用的蛋白质本身经常是RBP。

可以根据内容将搜索结果下载为CSV或TXT文件，以进行进一步处理。

2.   Go Search

该项目可以筛选与特定GO term关联的RBP候选者。可以输入GO term，例'GO:0003723'或仅输入'0003723'，也可以输入关键词搜索，例如'RNA binding'。但关键词搜索的准确性不如GO term直接搜索，并且可能会检索与多个不同的匹配GO term相对应的更多条目。总之，该通用搜索模块因此使用户可以专门搜索链接到任何感兴趣功能或过程的RBP。

这里我们输入GO:0003723，提交。

结果包括“生物过程”，“分子功能”和“细胞成分”这三部分，并显示相应的匹配数。因为我们这里输入特定的GO条目，所以显示的仅为分子功能方面的RBP。点击GO Molecular Function，右侧会显示RBP的详细信息，包括Entry name，Uniport ID、RBP2GO score、氨基酸长度、蛋白质分子质量等。我们可以在“蛋白质搜索”部分中选择目标蛋白质以获得特定信息。

当我们输入'RNA binding'时，结果如下，我们可以发现在生物学过程方面有12个RBP。

3.   Advanced Search

该项目可以同时管理和组合不同的选项，进行批量搜索，以筛选蛋白质和GO术语。我们可以输入感兴趣的蛋白或GO term至相应的字段中(可以输入多个)。

其中 “ GO List”字段包括“ AND / OR”选项允许以两种不同的模式运行GO list， CGC则限制RBP范围至已知的癌症相关基因，下方的两个滑块可为pI和RBP2GO选择特定范围。按图所示输入后，提交。

结果返回两个蛋白质列表，一份对应于RBP候选蛋白，一份对应于未列出的蛋白质（其他蛋白质）以进行比较分析。可以将结果下载为TXT文件，以供用户进一步分析。