6月数据库汇总（截止6.21）（中）

写在前面

整个5-6月份发表了近100篇数据库文章。进一步去掉一些其他物种的以及植物方面的数据库，最后剩下了以下这些数据库。

这次的数据库我们分成了六个方面。(1) 疾病相关数据库；(2) DNA相关数据库；(3) RNA相关数据库；(4) 蛋白相关数据库；(5) 组学分析流程数据库；(6) 微生物和老鼠相关数据库；(7) 其他数据库。

由于这个月发表的数据库比较多，所以我们分上、中、下来介绍这些新发表的数据库。今天我们介绍RNA相关数据库和其他数据库。

以下是所有这个月数据库的汇总，如果想要pdf格式的文件。可以直接后台回复:"2006"。

PART 4

RNA相关数据库

1.DeepCLIP  https://deepclip-web.compbio.sdu.dk/

利用深度学习的方法来预测RNA绑定蛋白位点.

2. IRESbase  http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/iresbase/index.php

实验验证的内部核糖体进入位点(IRESs)数据库：内部核糖体进入位点（IRESs）是功能性RNA元件，可以以不依赖帽的方式将核糖体直接募集到mRNA的内部位置以启动翻译。

3. CCLA  http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/CCLA/

肿瘤细胞系认证数据库：基于表达谱芯片来认证肿瘤细胞系是哪种细胞。通过上传这个细胞系的表达谱芯片来评估这个基因是什么癌症细胞。

4. RNAProbe  https://rnaprobe.genesilico.pl

基于RNA结构探针数据来预测RNA结构的在线分析数据库

5. ncRI  http://www.jianglab.cn/ncRI/

炎症相关的ncRNA数据库：这个数据库收集了经过实验验证了验证相关的ncRNA。其中ncRNA包括lncRNA、miRNA等等。

6. miRNet 2.0  https://www.mirnet.ca

miRNA一站式分析数据库：数据库提供了关于miRNA芯片分析流程以及miRNA相关调控的一站式数据分析的结果。

7. CVCDAP  https://omics.bjcancer.org/cvcdap/

肿瘤RNA-seq数据与临床数据分析数据库：数据库利用TCGA和CPTAC公共数据，来分析基因和临床性状之间的数据。类似于GEPIA，数据库好像更大一些。

8. ASAP  https://asap.epfl.ch

单细胞测序数据分析平台：数据库对HUMAN CELL ATLAS数据库的单细胞测序的数据进行了分析。方便我们使用这个这个数据库的scRNA-seq的结果，同时也可以分析自己的数据。

9. 3D-GNOME  https://3dgnome.cent.uw.edu.pl/

三维基因组数据库可视化：数据库利用 ChIA-PET 以及 Hi-C等数据对基因组进行了三维可视化。

10. Fluxer  https://fluxer.umbc.edu

代谢途径可视化数据库：基于全基因组测序的数据，来进行代谢途径的可视化。

11. scTPA  http://sctpa.bio-data.cn/sctpa

单细胞数据通路分析数据库：利用单细胞数据在多个数据库当中进行通路的富集分析。

12. iMRM  http://www.bioml.cn/XG_iRNA/home

多种RNA修饰预测的数据库：可以预测m6A, m5C, m1A, ψ and A-to-I修饰的结果。

13. TIMER2.0  http://timer.cistrome.org/

免疫浸润评价数据库：基于RNA-seq的数据来评价样本的免疫浸润程度。同时对TCGA的数据进行了分析。目前这个数据库更新到了2.0版本，以后我们会来介绍这个数据。

PART 5

其他方面数据库

1. Webina  http://durrantlab.com/webina

分子对接数据库：利用AutoDock Vina来预测小分子如何结合大分子靶标。

2. DDIEM  http://ddiem.phenomebrowser.net

先天性代谢缺陷的药物数据库

3. Tox21BodyMap  https://sandbox.ntp.niehs.nih.gov/bodymap/

化学物质作用数据库：数据库使用了9270种化学物质高通量检测的结果，用来评价某种化学物质更可能的作用靶向器官。

4. SYNERGxDB  http://SYNERGxDB.ca/

药物基因组学相关数据库：通过检索相关的组织或者药物来了解药物之间的协同作用。

5. HCVpred  http://codes.bio/hcvpred/

预测HCV NS5B抑制剂生物活性的数据库

6. DenvInD  https://webs.iiitd.edu.in/raghava/denvind/index.htm

戈登热病毒抑制剂数据库：可以通过检索了解相关疾病的抑制剂。

以上是关于RNA和其他方面的数据库。明天我们把剩下的蛋白以及组学分析数据库介绍完。

欢迎大家「三连」！