基因集泛癌分析，重磅来袭
今年早些时候，我们推出单基因泛癌分析，收到客户的一致好评。收获很多回头客以及朋友介绍的客户。
被致谢！2021年7分+单基因泛癌纯生信，投稿到接受30天！
在pubmed搜索pan-cancer或者TCGA，能看到很多在我们的协助下发表的文章。出于保密，我们都不会解读客户发表的文章。
目前单基因泛癌在可预见的未来仍将是生信文章或者生信为主+实验验证文章的主流思路。
关于基因集泛癌分析的文章，我们最近也解读过很多
11分+SCI 基因集泛癌纯生信分析，两个多月接受，可重复！
目前我们有一些基因集/通路的预分析结果，可以联系小编进行深入分析，也可以提供你感兴趣的基因集，我们来做分析。
关于基因集泛癌分析，可以是一个通路，可以是一个基因家族，也可以是一个复合物等等，只要是有联系的多个基因都可以。下面我们简单介绍一下通路泛癌分析的一些内容。
1 对所有肿瘤进行差异分析（TCGA结合GTEx），展示通路中基因在泛癌中的logFC和pvalue情况。（红色高表达，蓝色低表达，数值代表logFC）
2 对通路中的基因在泛癌中进行单因素回归分析，展示基因在泛癌中对预后的作用。（红色代表基因在肿瘤中是风险因素，蓝色则是保护因素）
3 通路中的基因在泛癌中相互之间的相关性分析展示
4 通路中的基因变异泛癌展示
包括扩增，缺失，突变，基因融合，多重变异
5 基因集中的基因在泛癌中的基因突变情况展示
6 通路/基因集在泛癌中的评分（ssGSEA评分）
7 score与肿瘤分期的关系(包含多种肿瘤的结果)
8 通路score与每种肿瘤患者预后的关系
包括多种肿瘤中分别与OS,DSS,DFI,PFI的关系，这里只展示胃癌中与OS的生存分析曲线
9 通路score在每种肿瘤中与所有基因的相关性分析
（1）正相关热图
（2）负相关热图
（这里的结果对筛选基因调控通路有很大的参考价值）
10 使用通路score进行富集分析，包括GO KEGG GSEA GSVA，展示该通路/基因集/复合物与哪些功能和通路相关。
下面展示的是GSVA富集分析的泛癌相关性分析结果
泛癌
单个肿瘤
11 使用两种方法评估通路score在肿瘤微环境中的作用
（1）使用已发表文章的方法对免疫相关通路，转移相关通路和DNA损伤修复相关通路进行评分，并计算与我们的通路评分的相关性
（2）estimate包评估肿瘤微环境的免疫分数和基质分数，并计算与通路score的相关性。
（每个肿瘤也有单独的图，这里不做展示了）
12 免疫浸润分析，使用的免疫浸润数据有三个来源
通路score在泛癌中与免疫细胞浸润的相关性（1）
通路score在泛癌中与免疫细胞浸润的相关性（2）
通路score在泛癌中与免疫细胞浸润的相关性（3）
13 通路score与肿瘤突变负荷，微卫星不稳定性的关系
13 通路score与免疫相关基因的关系，包括免疫检查点，免疫抑制基因，免疫激活基因，MHC基因，趋化因子和趋化因子受体，TGFB1通路，WNT通路，焦亡，铁死亡，m6a，EMT基因等，按需使用。
免疫抑制基因
免疫检查点
14 免疫治疗分析，评估通路分数对免疫治疗患者预后的影响
包含5个数据量相对较多的免疫治疗数据集
（1）生存分析
（2）免疫治疗后进展非进展患者中通路score的差异
目前我们有一些基因集/通路的预分析结果，可以联系小编进行深入分析，也可以提供你感兴趣的基因集，我们来做分析。
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