基于贵州和云南地区八个古茶种群的基因组水平多样化确定核心农艺性状的候选基因

古茶树作为珍贵的自然资源和茶树遗传多样性的来源，对于研究植物的进化机制、多样化和驯化具有重要价值。古代茶树的整体遗传多样性以及自然选择过程中发生的遗传变化仍然知之甚少。在这里，研究者报告了由 120 种古茶树组成的八个不同组的基因组重测序：六组来自贵州省，两组来自云南省。基于 8,082,370 个已鉴定的高质量 SNP，研究者构建了系统发育关系，评估了种群结构，并进行了全基因组关联研究 (GWAS)。系统发育分析表明，120 株古茶树主要聚集成 3 个组和 5 个单枝，这与主成分分析 (PCA) 的结果一致。根据遗传结构分析，古茶树进一步分为七个亚群。此外，发现古茶树的变异并未因外界自然环境或人工养殖的压力而减少（非同义/同义 = 1.05）。通过整合GWAS、选择信号和基因功能预测，4个候选基因与3个叶片性状显着相关，2个候选基因与植物类型显着相关。这些候选基因可用于茶树的进一步功能表征和遗传改良。