科研档案的管理是由一个前后相继的过程组成的一项工作，《科学技术研究档案管理规定》（以下简称《规定》）对科研档案管理全过程进行了规范。在科研档案管理过程中全面落实《规定》的这些要求是做好科研档案工作的基础。科研文件材料形成是科研档案工作的起点，形成高质量的科研文件材料是形成高质量科研档案的必然要求。为此，《规定》第十五条对归档科研文件材料的形成提出了两方面的要求，即“（一）归档的科研文件材料制成材料应当符合国家有关规范要求”；“（二）科研项目完成或中止后，应当对所形成的科研文件材料加以系统整理，履行审查手续后及时归档；研究周期长的项目，可分阶段归档”。前者主要规定了科研文件材料制成材料要求，后者主要规定了归档过程要求。
这里的“符合国家有关规范要求”，主要是指科研文件材料的制成材料的要求。那么，“国家有关规范”对归档文件材料制成材料的要求究竟是什么呢？
文件材料的制成要求包括载体要求和信息记录要求。现代科研文件材料制成材料多种多样，有纸张、磁盘、胶片等，但当前主流的还是纸张。这里主要论述纸张及其字迹材料的要求。
《文件用纸耐久性测试法》（DA/T 11—1994）将纸张的耐久性分为最耐久和一般耐久，分别为可保存500年以上和可保存200年以上。纸张耐久性换算成试验指标为耐折度保留率和撕裂度保留率。可保存500年以上的试验耐折度保留率和撕裂度保留率应分别在50%和80%以上，可保存200年以上的试验耐折度保留率和撕裂度保留率应分别在5%和60%以上。根据《信息与文献 文献用纸耐久性要求》（GB/T 24423—2009）规定，纸张出厂时用“∞”外加圈的方式进行标定，凡在纸张外包装标定了该符号则表示该纸张为可保存200年以上的纸张。现在市面上主流品牌的打印纸均标示符合该标准。对字迹要求，国家也有相关标准进行规定，一般来说，蓝黑、碳素字迹的耐久性较好，符合存档要求，而复写纸等字迹耐久性不好，不符合存档要求。
《规定》第十五条（二）对科研文件材料的归档过程及时间提出要求，即要求科研文件材料归档时进行系统的整理，履行审查手续，并及时归档。系统整理要求将在后文重点论述。履行审查手续是指提交归档的科研文件材料应由本单位档案部门对其质量进行审核把关，保存归档的科研文件材料是符合档案管理要求的。需要指出的是，要将这里的审查和第五条的审查或验收区分开来，第五条的审查和验收更多是指外部的监督性质的审查。及时归档是指科研文件材料要及时交档案人员保管。本次修订没有对科研文件材料的归档时间作具体规定，主要是考虑到不同的规模、性质的项目所需的整理时间不同，因此，无法限定一个归档时间。但科研文件材料归档应在科研项目完成或中止后的半年内（最多不超过一年）进行归档。而对于“研究周期长的项目”则要求“分阶段归档”，即不按年度归档。这里的“研究周期长”即指研究时间超过一年。由于研究时间超过一年的科研项目，其文件材料无法按年度归档，因此要求采用按阶段，即立项论证阶段完成后，可将立项论证形成的文件材料归档，研究实施阶段完成后可及时将研究实施形成的文件材料归档，而不必等项目所有研究工作完成甚至结题时归档。整理是文件材料成为档案的一个重要标志，也是档案工作价值的重要体现。《规定》第十五条要求科研文件材料归档时必须进行系统的整理，第十九条则明确规定了整理的依据，科研档案应当按照《科学技术档案案卷构成的一般要求》进行整理，科研电子档案应当按照《电子文件归档与电子档案管理规范》进行整理。科研档案是科技档案的一部分，与其他类别的科技档案具有相同的性质，如项目性、成套性等。因此，国家档案局专门制定的《科学技术档案案卷构成的一般要求》规定了包括科研档案在内的科技档案的整理方法和要求。尽管《科学技术档案案卷构成的一般要求》是推荐性的，但一经《规定》采用，在科研档案的整理上则是强制性的，全国的科研档案均应按照该标准进行整理。《科学技术档案案卷构成的一般要求》规定了科研档案案卷的组卷原则和方法、案卷和案卷内文件材料排列、案卷的编目、案卷的装订方法，规定了卷盒、表格规格及其制成材料的质量要求等。《科学技术研究课题档案管理规范》是根据《科学技术档案案卷构成的一般要求》制定的专门规定课题级科研文件材料形成、积累、整理、归档和科研档案管理的档案行业标准。在整理方面，它比《科学技术档案案卷构成的一般要求》更具有针对性，是对该国家标准在科研档案方面的细化，可作为科研文件材料整理工作开展的重要依据。由于目前尚没有科研电子文件整理方面的专门标准，当前科研电子文件的整理应按照《电子文件归档与电子档案管理规范》进行，主要应参考的条款有7.2电子文件的整理、8.5电子档案的编目、8.6档号编制要求等。保管是科研档案管理的重要环节，《规定》对保管科研档案的库房、保管过程等进行了规定。《规定》第二十条要求：“科研档案的保管应当符合国家有关档案保管的要求，库容量满足未来档案增长的需要。科研档案保管过程中应当定期检查科研档案的保管状况，及时修复破损档案。涉密科研档案应当按照国家有关规定保管。”这里首先强调了单位的档案库容应满足科研档案增长量的需求，而不能使科研档案无地存放。其次，强调了科研档案保管过程中状态的可控性，这里的保管状态一般指“八防”状态，即符合“八防”要求。再次，强调了对破损档案要及时修复。最后，对涉密档案的管理特别提出了要求。科研档案中免不了有涉密内容，这些档案除按照档案管理要求进行保管外，在存放位置、管理过程等方面还应符合保管要求，如单独存放于符合保密要求的场所，调阅利用过程也要符合保密要求。科研档案并非全部永久保管，因此也存在到期档案鉴定和销毁工作。《规定》第二十一条要求：“各单位档案部门应当按照国家有关规定对保管期满的科研档案进行鉴定。保管期满科研档案的鉴定应当由档案部门牵头，组织有关部门或人员共同进行。经鉴定仍需继续保存的科研档案应当重新划定保管期限，确无保存价值的应当按照有关规定进行销毁。”上述要求明确了科研档案到期鉴定由谁组织，结果如何处理等。科研档案的鉴定工作应由档案部门牵头，组织科研计划项目管理部门人员、科研人员等共同进行。很多单位成立了鉴定小组，可由鉴定小组中的上述部门人员组成科研档案鉴定小组，对到期科研档案进行鉴定。鉴定时应逐卷、逐件审阅档案，提出存留意见，形成鉴定结果清单。对于有保存价值的科研档案重新划定保管期限，继续保存。对于“确无保存价值的应当按照有关规定进行销毁”，这里有关规定是指国家档案管理要求中的销毁规定。机关单位科研档案的销毁按照《机关档案管理规定》执行，企业、事业单位中的科研档案销毁按照《企业档案管理规定》《企业档案工作规范》中的规定执行。《企业档案工作规范》7.7.6规定，销毁档案时对待销毁档案登记造册，形成《销毁清册》（具体格式可见《企业档案工作规范》附录B.3），提交企业法定代表人批准，然后进行销毁。销毁时应两人以上同时在场，其中一人为销毁人，另一人为监销人。《销毁清册》永久保存。统计也是档案工作的重要环节。《规定》第二十三条要求：“各单位应当建立科研档案工作统计制度，按照规定做好科研档案统计工作。”一般来说，各单位不会单独建立某一类档案的统计制度，而是按照单位档案统计制度开展统计工作。但国家有档案统计制度，每年对各单位档案工作情况进行一次统计，对科研档案的统计主要是归档数、利用数、编研成果数等。近几年，随着跨学科、跨机构、跨专业科研项目增多，科研档案的归属与流向问题日益增多。随着人类向自然界探索的进一步深入，越来越多的科研活动要求跨学科、跨机构、跨专业组织实施，这就存在着参与研究的机构所形成的科研档案与承担研究的机构所形成的科研档案的关系问题，从维护档案的完整成套性出发，《规定》第二十四条要求：“分工合作完成的科研项目，应当以任务合同或分工协议条款等书面形式明确约定科研档案的归属、流向、处置和利用共享事项。一般应当由牵头承担单位保存一套完整档案。参加单位在保存本单位承担任务所形成档案的同时，将副本或复制件送交牵头承担单位。如确系涉及参加单位或该单位科研人员合法权益而不宜向牵头承担单位送交副本或复制件，且有书面约定的，参加单位应当将本单位形成的科研档案目录送交牵头承担单位。”因此，在跨单位共同承担科研项目任务时，如签有相应的合作协议，应在合同或协议中明确参与单位参与任务所形成的科研档案是否需要向承担任务的单位汇交，且要明确汇交档案的内容、方式（原件还是复制件）及时间。按照《规定》要求，承担单位有权力要求参与单位向其汇交相关的档案。为保存参与单位档案的完整性，一般以汇交复制件或副本为主。当然，这种档案的汇交应以不损害参与单位的合法权益尤其是知识产权为前提，如因汇交档案有可能损害参与单位的权益，可仅汇交相应科研档案的目录。
