TCGA数据分析系列 蛋白相互作用网络
我们的TCGA数据分析系列已经出过几期
之前我们已经得到了差异分析结果，接下来我们做差异基因的蛋白相互作用网络
首先我们筛选adj.P.Val<0.01,logFC<-3和>3的基因，共有457个。接下来我们介绍两种方法进行蛋白相互作用网络的构建,并用cytoscape软件作图
1 Metascape数据库
http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1
打开网站，将基因集复制进去
物种选择人，点击Expression Analysis
运行一会后，出现黄色按钮即可
这个网站不仅可以做蛋白相互作用分析，还可以富集分析，点击All in One Zip File可以下载所有分析结果和图，这里展示了富集分析中P值最小的前20个，值得一提的是，这个网站的富集分析吧所有的项目放在一起作图，包括Canonical Pathways， CORUM，GO Biological Processes，KEGG Pathway，Reactome Gene Sets
还有通路之间的网络关系
下面就是今天的主角，蛋白相互作用网络
PPI网络默认用了MCODE算法来识别网络的关键亚集，很多人选择hub基因就是通过这个方法选择
另外每个MCODE亚集还有单独的富集分析结果显示，不过这个图是没有高清的图可以使用的。
昨天组内课题汇报，也看到有人用这个网站做PPI分析，跟图里面一样，基因多的时候就都挤在一块了，那么有没有方法可以将图改变一下呢？
可以看到箭头指的方向可以下载CYS文件，而这个文件就是大名鼎鼎的可视化软件cytoscape的格式
我们下载后打开是这个样子的（需要提前安装cytoscape软件，百度搜索官网下载即可）
选中第一个MCODE，点击上面这个箭头所指的按钮
这样我们就吧MCODE1新开了一个界面
如图所示，就可以用自带的显示方式来显示MCODE1
字母被挡到了怎么办呢，选择Label Position可以进行调节
全部都选Center
出来是这个样子
再调整字体大小
这样就好看多了
当然还有其他很多展示方式可以选择，比如Circular
出来是这个效果，其实跟刚刚的图是一样的，只是半径变大了，半径可是可以设置的
再比如Radial
出来是这个效果
2 STRING数据库
https://string-db.org/
打开网站，输入基因集
选择物种
继续
出来的效果
去掉没有连线的基因
得到下图
下载TSV格式的文件
拖到cytoscape软件中
打开是这样的