【全合成】Graham 《OPR&D》Ceralasertib合成工艺

第一作者和通讯作者均为:Mark A. Graham

作者来自英国阿利斯康化学研发部

文章连接:https://dx.doi.org/10.1021/acs.oprd.0c00482

引言

今天分享一个工艺合成研究成果,该研究以全文形式发表在《Org. Proc. Res. Dev.》上

Ceralasertib目前处于多个一期和二期临床研究中,用于治疗癌症。

结构上,该化合物含有一个7-氮吲哚、一个二嗪母核,以及具有手性的哌啶环、环丙烷与手性亚砜胺。这些结构特征,对于大量制备该化合物是一大挑战。

此次,我们来学一学该化合物全合成的详细解析
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简介

突变的激酶共济失调毛细血管扩张症和Rad3相关(ATR)是细胞DNA损伤反应的关键调节因子,抑制这一修复通路可导致细胞死亡。

Ceralasertib (azd6738,1)被阿斯利康(AstraZeneca)确定为一种有效的选择性ATR抑制剂,目前正在进行多期I/II期临床试验,用于治疗癌症。

它的结构包括一个由手性吗啡啉、环丙基亚砜和氮茚多装饰的嘧啶核,这使得它的大规模合成具有挑战性。

针对早期临床活性药物成分(API)生产活动,对ceralasertib的药物化学路线进行了调整和开发:

然而,在这个合成路线,存在很多限制和问题。为了更有效地进行生产,急需开发更为简便高效的合成路线。

早期开发路线长,从手性化合物D-丙氨醇出发,需要经过长达14步反应。其中,使用Mahajan开发的三步反应将D-丙氨醇转化为(R)-3-甲基吗啉2,以及一步法制备硼酸酯14

手性吗啉2价格昂贵,在开始阶段即引入路线中,这提高了整条路线的生产成本。此外,硫醚7使用酶催化进行硫氧化制备亚砜8时,需要溶剂体积大,耗时长。亚磺酰胺9的制备需要到贵金属铑,这对于成本以及可持续性都是很有考验的。

该路线中,主要的问题还有亚磺酰胺10的环丙烷化,该步骤产率低并且存在过烷基化现象。为了避免过烷基化,需要严格控制反应时间,开发了连续搅拌槽工艺,实现了51%的中等产率。

此外,1-溴-2-氯乙烷杂质12和其他相关杂质是潜在的致突变物质,我们理想地希望在合成路线的后期避免。

因此,必要开发新的合成工艺过程。

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合成路线考察

作为路线设计练习的一部分,为了避免这种不利的环丙化过程,考虑了引入环丙基部分的备选方案。

深入文献调研,发现在硫环丙烷合成子与嘧啶环之间直接生成C-C键,并没有报道。因此,研究合成硫甲基环丙基的替代方法,希望通过经典缩合化学构建嘧啶环。Kanel和Dingwall的研究对该工作具有指导意义:

3-氯-2-甲氧基四氢呋喃(14)与亚硫酰氯和吡啶开环得到2,4-二氯丁烷,分离得到亚硫酸氢钠加成物15。然后与甲硫化钠反应,再与氢氧化钠反应得到醛16,收率为80%。

虽然这种醛16不适合计划的合成路线,但它打开了合成可能有用的相关酯或酸的可能性。

市面上有大量的2,4-二溴丁酸甲酯(17),我们推测它可以以类似的方式与硫代氧化钠反应,生成类似的酯:

通过类似的合成方法,以86%粗收率制备得到含环丙烷结构的甲硫基羧酸19.

随后,对反应的碱和溶剂进行了探索:

发现以甲醇钠为碱,可以快速高效地制备相应的羧酸19。此外,以2-甲基四氢呋喃为溶剂,避免了后处理需要更换其他溶剂,同时以甲醇为共溶剂,可以起到增加甲醇钠溶解度、提高反应速率的作用

进一步地,通过氢氧化钠进行水解:

通过这些优化,羧酸19在2-甲基四氢呋喃溶剂中,收率可以达到93%,反应规模为118 kg。

随后,为了构建嘧啶环,需要将羧酸19转化为相应的酮酸酯:

羧酸经CDI活化后,与单乙基丙二酸钾进行缩合,同样是以2-甲基四氢呋喃溶解状态保存,反应收率为90%;腈21经过羟胺处理,再用醋酐脱水,生成脒22;随后与酮酸酯20在乙醇钠的乙醇溶液中进行缩合,即可获得所需的嘧啶23,收率为67%

接下来,使用三氯氧磷处理,将嘧啶环上羟基转化为氯,再和(R)-3-甲基吗啉进行芳香亲核加成,构建得到含所需手性中心的嘧啶吗啉化合物25

然后,通过Kagan条件在小规模反应中,将硫醚氧化为牙砜26,该步骤收率较低,仅46%

但是,最后期望将26转化为目标化合物1时,均没有获得成功

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二氯嘧啶路线

因此,需要修改合成路线策略,使其在氮茚多环引入之前形成亚砜亚胺。作者认为最好的方法是使用2-氯嘧啶13作为最终的分离中间体。

β-酮酯20与尿素的反应只生成了少量的嘧啶31,因此将注意力转移到反应性更强的硫脲,它生成了硫嘧啶27

作者详细研究了反应所用碱和溶剂,发现这些参数的改变对于产物与副产物影响很大。经过探索,最终发现以叔丁醇钾为碱,在乙醇中进行反应,可以抑制副产物同时,获得最佳产物收率,大于93%。最终,使用该方法,在124 kg规模实现了78%收率的硫嘧啶27

随后,进行目标化合物Ceralasertib的全合成探索:

获得了关键的化合物27后,采用已知的程序,通过氯乙酸处理,转化为嘧啶酮31,转化产率为83%。该反应只需要在水溶剂中,95 oC反应4小时,底物完全转化,随后冷却至20 oC重结晶,即可获得产物。方法直接有效,并且绿色环保。

为了引入(R)-3-甲基吗啉片段,需要将嘧啶酮31转化为二氯嘧啶32:

研究发现,使用Frutos报道的方法,即三氯氧磷和二乙基苯胺对嘧啶酮31进行氯化后,不同的后处理将导致不同结果:如果使用强氧化钠水溶液进行淬灭反应,则主要得到单氯代嘧啶酮33和原料嘧啶酮31;使用醋酸钠水溶液淬灭后,再经氢氧化钠水溶液条件pH为6-7,则主产物为二氯嘧啶32

开始,以甲苯或乙腈为反应溶剂,反应速率很慢。后来,经过研究发现,不加入溶剂,仅使用三氯氧磷和二乙基苯胺,95 oC反应6小时,即可完成底物转化。

采用上述优化后方法,在51 kg规模实现了收率79%,HPLC纯度95%的二氯嘧啶32的制备。

接下来,研究芳香亲核加成:

经过探索,发现该反应过程中,主要副产物为另外一个反应位点的亲核加成,即生成了化合物35。并且,研究发现,溶剂对该产物的比例影响较大,其中以DMSO为溶剂,主产物为期望的加成物34

碱的筛选,发现DIPEA和TEA对反应结果影响不大,但是考虑到后续TEA更容易通过水洗进行除去,因此,采用了TEA和碳酸钾混合碱。最终34:35位87:13,并且反应时间可以控制在18小时内完成。

由于副产物35含量较多,因此需要开发一个良好的程序进行除去:

经过探索发现,化合物3435更为偏碱性,因此可以通过调节不同的pH值,对这两个化合物进行高效分离。当使用6 M盐酸溶液处理时候,水相几乎以化合物34为主(98%),而有机相中化合物35占比为95%。

随后,通过对有机溶剂性质探索,作者选择正庚烷为后处理有机溶剂。反应完成后,将正庚烷和水加入到DMSO溶剂体系,化合物3435将进入有机相(正庚烷),而DMSO、过量的碱和盐将被水洗除去。随后,使用4 M盐酸可以将>98%的期望化合物34萃取到盐酸相,副产物35则留在正庚烷相中。接下来,使用氢氧化钠水溶液调节pH至中性,再通过甲基叔丁基醚MTBE萃取34,浓缩收集溶剂后,更换为异丙醇,进行重结晶,在77 kg规模实现了99.8%纯度34的制备。

Baeyer-Viliger单氧氧化

在早期开发路线上,使用Baeyer-Villiger单加氧酶(BVMO)在不同的底物上进行生物催化硫氧化,获得亚砜,收率79%,手性纯度为>99 de。

作者使用相应的方法,这种酶利用氧气和还原的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADPH)作为辅助因子,并被氧化为NADP+。NADP+再循环为NADPH是通过另一种酮还原酶(KRED)实现的,该酶将辅溶剂异丙醇氧化为丙酮。

通过该方法,在64 kg规模,实现了手性亚砜36收率88%,>99% de。

无金属亚磺酰胺的制备

醋酸铑的成本是商业生产过程中关注的一个问题,我们对Bull最近的一份报告很感兴趣,该报告描述了亚砜亚胺形成的无金属条件。

最初将报道的条件应用于亚砜36,使用二乙酰氧苯 (3 equiv)和氨基甲酸铵(4 equiv)作为氮源,在甲醇中,温度为20 oC,1小时内观察到产物13,但注意到在此过程中可能产生爆炸性碘苯,因此需要适中的反应温度和安全的提取检查,不需要加热或蒸馏。

甲苯也作为一种潜在溶剂进行了研究,但反应速度较慢,在20 oC下23 h内只有33%的13。尝试甲醇为共溶剂后,反应速率和产率得到提升。后续,经过优化,在30 kg规模,以83%收率和大于99%纯度,制备得到亚磺酰胺13

Suzuki偶联反应

首先,使用市售芳基溴38制备硼酸酯:

早期的发展路线采用宫浦氏硼化法,以四(三苯基膦)钯(0)为催化剂,以醋酸钾为碱,在1,4-二氧六烷中使用B2Pin2。虽然在这些条件下转化为硼酸酯14进行得很好,但后处理效率低下。

我们不确定空气敏感催化剂四(三苯基膦)-钯(0)是否是最佳催化剂,并且不确定在API之前的倒数第二阶段使用ICH 2类溶剂1,4-二恶烷。

随后,作者在手套箱中采用96孔板形式进行了高通量实验,实现了实质性筛分。该筛选的主要目的是寻找一种催化剂、一种碱基和一种溶剂系统,能够以所需的速度提供清洁产品,并实现平稳、省时的检测过程。

作者发现催化剂对反应速率的影响次序为:Pd(PPh3)2Cl2 ≈ Pd(OAc)2/PPh3 > Pd(dba)2/PPh3 > Pd(PPh3)4

主要检测到的副产物为脱溴化合物39,并且发现Pd(PPh3)2Cl2条件下,39生成较少,反应仅需2%的该催化剂。

反应速率与碱的规律为:NMe4OAc > CsOAc > KOAc。但是,副产物39产生量也与所用碱的次序相对应。为了尽量避免该副产物的产生,最终选择醋酸钾(KOAc)为碱。

溶剂方面,2-MeTHF和乙酸异丙酯对反应和后处理都很好。鉴于硼酸酯14在乙酸异丙酯中溶解度低,重结晶收率高,因此乙酸异丙酯为最佳溶剂。

将iPrOAc溶液经蒸馏法共沸干燥,再以MTBE作为反溶剂进行结晶。在扩大生产规模的中试工厂中,使用41公斤芳基溴38生产硼酸酯14,脱溴副产物39不到0.1%,收率达到75%。

随后,研究Suzuki偶联:

首先,使用1.1当量硼酸酯,结果发现有较多的二聚化合物40生成,当硼酸酯用量提高至1.3当量时,在抑制底物二聚同时,期望偶联产物1的收率提高至91%

进一步研究,发现以磷酸钾替代碳酸钾为反应的碱,同样可以抑制副产物,并且提高目标化合物的收率

最后,发现以二三苯基磷二氯化钯为催化剂,磷酸钾为碱,1.1当量的硼酸酯,在正丁醇中反应,目标化合物收率为96.7%,并且二聚产物可以控制在1%以下。

但是,经过重结晶后,API中残留有硼酸酯14

因此,进一步研究溶剂对该反应的影响:

使用Pd(dppf)Cl2时,生成杂质40和其他未知杂质的风险较高,这些杂质不能通过结晶净化,因此选择Pd(PPh3)2Cl2 (1.3 mol %)作为催化剂。选择磷酸钾作为碱,是因为它的反应速度比碳酸钾快。虽然2-MeTHF作为反应溶剂表现不佳,但它可以作为理想的后处理和重结晶溶剂。

Pd的除去

由于最终化合物为API,对于重金属残留具有严格要求,因此必须研究如何除去

最终,用L-半胱氨酸水溶液和磷酸钾的优选组合洗涤时,有机溶液中观察到的钯水平从308 ppm降低到2 ppm。

最后,作者通过优化,实现了目标产物32 kg规模的制备,收率70%,硼酸酯14的含量低于<0.01%,金属Pd残留低于3 ppm。

结论

作者经过仔细的研究探索,实现了Ceralasertib的公斤级制备,并且解决了原研路线中存在的几个关键的问题,实现了生产成本降低,操作简便、产率提高、可放大等进步。
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