综合性tRFs分析预测数据库

前两天我们对于tRFs的功能同时也推荐了几个关于tRFs的数据库。其中包括tRFs在TCGA当中研究的数据库以及tRFs靶基因预测数据库。这些数据库都是基于分析好的数据来的。但是如果我们有自己的数据，想要分析相关的tRFs，但又不会用代码进行分析。怎么办呢？今天就给大家推荐一个在线分析tRFs的数据库。tsRFun（[http://121.46.19.89/DB/tsRFun/]）

目前这个数据库主要可以进行以下四种分析。通过下图可以发现，基本上我们前面介绍的靶基因预测和在肿瘤当中的作用的分析。在这个数据库都可以做。同时这个数据库还可以分析自己的测序数据。可谓是一个数据库就搞定所有的事情了。

由于tsRFun数据库还没有发表自己的相关文章，所以我们也就不清楚具体用了什么数据来进行分析预测。这里只简单地介绍一下他的功能

tRFs鉴定

如果我们有自己的小RNA测序的数据的话，同时又想要在里面挖掘一些新的东西。这个时候就可以考虑重新注释一下。来寻找里面有没有tRFs的。这个时候就可以使用里面的tsRFinder的功能。在tsRFinder当中我们可以输入测序后的fasta数据，如果测序的序列比较多可以上传压缩包即可。

在点击提交之后，由于要进行序列的比对，所以需要耐心的等待。等待结束后，就可以得到测序数据当中相关的tRFs都是哪些了。在这个结果当中，我们可以查看比对的tRFs的具体信息，也可以观察目标tRFs在肿瘤当中的分布。

进一步的，如果相对目标的tRFs进行功能预测，则可以在后面选择上之后，直接点击提交。即可预测目标tRFs的功能。

tRFs靶基因预测

同样的如果有自己做的CLASH/CLIP-seq的数据，想要重新预测一下有没有和tRFs有关的结果。也可以使用这个数据库来进行分析。分析之前需要指定一下目标参数，然后也是直接输入fasta的测序结果即可。

经过分析，我们可以了解目标tRFs和哪些基因有相互作用关系。同时具体的作用方式在哪里

tRFs在肿瘤当中的分析

除了以上上传上传自己的数据可以进行分析之外，我们也可以上查看在TCGA数据库当中具体的tRFs的发表情况。在这个数据库当中只能看到tRFs的在不同肿瘤的表达情况。但是如果要看预后的话，就不行了。这个时候就看可以使用OncotRF这个数据库了。

tRFs功能预测

这个部分的内容，就和前两天介绍的tRFTar差不多了。我们可以选择目标tRF或者输入tRFs的序列就可以基于数据库分析好的数据集来进行富集分析了。

和tRFTar不同的时候，tRFun预测的背景数据库多了一些。同时在功能预测的时候，也可以使用GSEA进行预测。

总的来说

以上就是这个数据库的主要功能了。单论功能的话，基本上可以把之前介绍的两个数据库都包括了。有一些特定的比如查看预后这样的功能还是需要用指定数据库的。另外目前这个数据库还没有发表。至于这个数据库的最终版是什么样子的。这个谁也不清楚。说不准还会多更多的功能的。