一波三折终于安装上了托管在GitHub的几百M的R包

我们的学习班非常固定，就是生物信息学入门，传授基于Linux的NGS数据处理技巧，以及基于R语言的统计可视化。

好像很久没有发布学员笔记了，可能是因为自己写教程写的太勤奋了吧，不过确实也需要偶尔给其他朋友一下表现自己的机会哈！

其实初学者遇到的问题就那么多，有共性，有专业的团队协助解决，确实能少走不少弯路！

下面是六月学员的分享

最近学员参考了教程：https://mp.weixin.qq.com/s/vO-3_FbjsvqfAwCsn3A7Cw 来安装ArchR，目前ArchR托管在GitHub上。

学员目标：从github上安装ArchR包，由于网速不佳，选择本地安装的方式。

第一步 从github下载安装包（git bash命令行下载）：

这个其实就需要想办法了，因为使用git bash命令行下载仍然是从github下载，如果网速超级烂，其实也不可行。这个包好几百个M，可以使用https://gitee.com/作为中转站：

#因为是在个人笔记本上操作，所以采用git bash命令行下载
git clone https://github.com/GreenleafLab/ArchR.git

第二步 在R里面安装

原教程如下所示

敲入代码：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("nabor","motifmatchr","chromVAR","ComplexHeatmap"))#依赖包的安装
install.packages("./ArchR/",repos = NULL)

首先发现报错：

第一次报错

看报错信息，应该是参数设置出现冲突，于是尝试将该参数去掉是否可行**（有点盲目，不可取）**

PS：其实这个时候学员的问题是，并没有在下载ArchR-master.zip的文件夹打开rstudio，就是没有工作环境的概念，相对路径和绝对路径不清楚。

结果出现新的报错：

第二次报错

回顾培训班的R包安装知识，这个报错可能是由于安装包名称错误或安装命令错误。因为第一次尝试本地安装，没有经验，所以将问题放到了交流群里。非常开心群里助教老师马上指出我的是命令错误，他建议我本地安装，尝试install_local命令，于是：

devtools::install_local("C:/Users/大米/Desktop/ArchR-master/ArchR-master.zip")

结果又报了新的错误：

第三次报错

看报错信息是依赖包安装过程中出现错误，无法写入C:/Program Files/R/R-3.6.1/library路径？？有点懵逼。最后的报错的“非零退出”错误，google了一下也有很多种可能性，陷入迷茫。。。

PS ：这个时候的无法写入，通常是文件夹权限问题，如果没有使用系统管理员权限打开R，就会遇到这样的麻烦，或者安装包的时候，可以指定安装路径。

于是转回最初，希望解决一开始的install.packages参数设置问题。综合网上的教程，尝试了新方法：

install.packages("C:/Users/大米/Desktop/ArchR-master/ArchR/",repos = NULL, type="source")

Bingo！

这里两个参数均很重要！路径也可以用Tab键补全，以减少错误。

注意

本地安装很多时候无法成功，是因为R包之间的依赖性很强，所以学会看报错信息，会提示有什么包未安装，则先安装依赖的包再继续。

看到有方法可以查看某个包的依赖包，就是getDependencies函数：

install.packages("gtools")
library(gtools)
getDependencies("ArchR")

但这个方法对于像ArchR这样刚开发出来的包并不适用，还是得学会看报错信息。

感悟

命令和参数设置均很重要，在对参数不了解的情况下，自行查看帮助文档来选择参数是较为困难的，还是应该先搜几篇教程看看，以迅速明白哪些参数必须设定。

学会看报错信息！

参考资料：

https://mp.weixin.qq.com/s/vO-3_FbjsvqfAwCsn3A7Cw

https://www.jianshu.com/p/c38f1b5a2b5

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