RNA测序究竟有多可靠呢

公众号关于转录组实战的教程实在是太多了,我都懒得给你们整理目录:

你应该明白如何在我们公众号进行搜索,这个技巧很重要。
不过,不少粉丝反映我们的教程太实用了,反而忽略了基础概念,唉,概念这东西,不需要我们来讲解了,主要靠自学,多看文献。
所以推荐下面这个文章给大家:
由美国FDA牵头的测序质量控制(SEQC)项目对RNA测序的准确性、可重现性和信息含量进行了综合性评估。其初步调查结果发表在2014年09月的Nature Biotechnology杂志上,石乐明教授是这篇文章的通讯作者之一。研究人员用RNA参照样本在全球多个实验室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平台上进行检测,主要评估RNA测序在接头区域和差异性表达谱中的表现,并将其与芯片和定量PCR(qPCR)进行比较。研究表明,数据分析的算法会对RNA测序产生很大影响,不同算法生成的转录本数据存在很大差异。

文章是:A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium,by SEQC/MAQC-III Consortium - ‎2014

(0)

相关推荐

  • LncRNA分析流程搭建——前言

    湿实验转岗干实验的菜鸡,现需搭建ceRNA分析流程,记录学习过程,供交流学习~ 背景:lncRNA是长度>200个核苷酸的非编码RNA,占ncRNA的80%左右,其本身缺少明显的开放阅读框,不编 ...

  • miRNA测序技术原理

    miRNA测序背景简介 小RNA是生物体内一类具有重要调控功能的非编码短小RNA的总称.大量研究已经证实,小RNA几乎参与调控了动植物所有的生命过程,包括细胞增殖,分化,凋亡等,并且与人类疾病的发生发 ...

  • Nat Comm| 可以实现无污染的高通量单细胞RNA测序技术Hydro-Seq助力循环肿瘤细胞的研究

    推荐:江舜尧 编译:美少女 编辑:马莉 美国密西根大学Euisik Yoon等学者于2019年5月15日在期刊   <Nature Communications> 上发表了<Hydr ...

  • 外泌体RNA测序是什么?

    Exosome(外泌体)是活细胞分泌的来源于晚期核内体(也称为多囊泡体)的膜性囊泡,存在于体液中,包括血液.唾液.尿液和母乳等.目前研究发现,exosome内含有与细胞来源相关的蛋白质.脂质和各类核酸 ...

  • CircRNA测序是什么?

    环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类闭合.成环的非编码RNA分子,对核酸酶不敏感,半衰期较线性RNA长.circRNA广泛存在于动植物中,研究显示其能够通过竞争性结合micro ...

  • 小RNA测序是什么?

    小RNA是指一类高度保守的长度为18-32nt的RNA分子,主要包括miRNA.siRNA.snoRNA和piRNA等,是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控.生物个体发育.代谢及疾病的发生等生理过 ...

  • LncRNA测序是什么?

    长链非编码RNA(long non-coding RNA)是一类长度大于200bp,不编码蛋白的RNA,广泛存在于生物体内.lncRNA测序可选择采用去除rRNA或DSN真核生物全转录组建库的方法进行 ...

  • RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq)是什么?

    m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺苷)是真核生物中最常见最丰富的RNA修饰,作为一种可逆修饰,RNA既可以在甲基化转移酶METTL3/14 等酶的作用下发生m6A甲基化修饰,又可 ...

  • 环状RNA在非肿瘤方向的研究

    下面我们分析一下这篇文章的思路: 1.作者收集抑郁病人和正常人样本,提取RNA,进行测定环状RNA的表达量, 2.进行抑郁病人和正常人环状RNA表达的差异分析,选出差异的环状RNA 3.此外,还对三十 ...

  • mRNA测序是什么?

    真核生物mRNA测序的研究对象为特定细胞或组织在某一功能状态下转录出来的mRNA集合,通过oligo-dT磁珠捕获带polyA尾的RNA进行建库测序,也称为PolyA-Seq.可研究mRNA差异表达或 ...