免疫组学10KIP / 开普饭

免疫系统的重要性，这个自然无需多说，在免疫领域有没有类似于 TCGA 这样的组学数据库呢？免疫组学这样的数据库至少在数据挖掘上现在似乎还是并不多，第一个遇到的问题是啥是免疫组学？白介素同学的理解呢，就是具有高通量的特点类似于转录组，蛋白质组这样的概念。

白介素同学发现一个好用到爆的免疫组学数据库，分享给大家。

数据库简称10KIP，全称10,000 Immunomes Project，看起来就很霸气，这个数据库呢其实应该是一个二次数据库，是通过原有数据库进行了数据整理挖掘，标准化建立起来的，它基于的原始数据库是 ImmPort数据库。

基本情况

首先看看大概长啥样，数据库界面非常简洁干净，功能也就是提供可视化和数据下载功能，然后就是一些其它的链接之类的基本资料。

给大家一个基本的流程图看看吧

数据类型

该数据库包括的存储的数据类型包括：

· 从ImmPort数据库下载的健康人血液样本的CyTOF data质谱流式数据

· 从 ImmPort数据库下载的ELISA数据

· 从 ImmPort数据库下载的流式数据，并进行过Meta分析整理

· 从 GEO下载的基因表达数据

· 从 ImmPort数据库下载的HAI 数据

· 从ImmPort数据库下载的分泌蛋白数据，基于 multiplex ELISA 平台

· 从ImmPort数据库下载的 VNT 数据（病毒中和滴定），接触不多

这些数据都已经经过了数据处理标准化，至于数据处理流程呢，如果有相应感兴趣的数据，大家可到这里详细查阅：

各种数据究竟有多少嘞？

可视化功能

听小伙伴们反映，大家好像对于好看的图特别感兴趣，实际上这个数据库也一定程度上能满足颜值高的需求，同时呢又非常简洁好用，随便举个例子，你比如说白介素同学对 CCL5分泌蛋白比较感兴趣，就可以这样操作下：

都是非常简单的点击操作，不用记住，像白介素同学也没有看教程，就这样自己点击测试下就很容易明白，你比如还可以做筛选，根据种族画的小提琴图：

不同研究中的分布情况：

这些图片，至少白介素同学觉得颜值已经够高了，如果高手觉得还不行，可以自己下载数据重新绘图。

数据下载功能

白介素同学为了测试，下载了一个分泌蛋白的 Multiplex ELISA数据，大家可以看下：

数据已经整理得非常好了，可以拿来就用的，当然哈，看清楚是不是你要的数据哈。

内容分享完了，白介素同学祝大家学习愉快！

附上参考文献资料：

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124718314517?via%3Dihub

免疫组学10KIP