日问390：为什么她临床和腰穿提示感染，mNGS却是阴性？

问题来源

腰穿和临床症状均提示颅内感染的19岁女孩，外送宏基因检查却提示均为阴性。

那么

Q：

可以导致宏基因（mNGS）检查阴性的可能原因有哪些？

A：

评估送检样本的质量

脑脊液样本如果已在室温下储存或在4℃冷藏数天，微生物核酸（尤其是RNA）可能已降解，可能导致mNGS假阴性结果。

评估送检样本的采样时间

如果样本中无核酸，PCR和mNGS都检测不到。因此需要结合病情：例如慢性感染性脑膜炎患者，一般症状超过1个月，因此有更宽的时间窗口，使脑脊液中可能含有微生物核酸。而急性病毒性脑膜炎患者，病毒只在发病最初几小时或几天存在于中枢神经系统，因此距离这类患者发作较远的时间采集脑脊液样本可能无助于mNGS检测。

是否在送检样本前使用过抗生素

抗生素使用会降低病原体浓度，尽管PCR和mNGS可以检出残留的微生物核酸，但仍需谨慎解读阴性结果。

感染的部位

脑和/或脑膜组织活检样本对mNGS也很有价值。然而这种方法的成功与否取决于微生物是否存在于提取核酸的特定组织中，而脑脊液的优势在于它是整个蛛网膜下腔(如果不是整个大脑的话)微生物的来源。如果患者的感染是局灶的（例如脑脓肿），或者如果可疑的病原体在CSF中丰度较低，或者通过典型的血清学诊断为阳性，如伯氏疏螺旋体（莱姆病）或梅毒螺旋体（梅毒），则应谨慎解释脑脊液mNGS的阴性结果。

今日感悟：

我相信科学，但更相信患者临床表现