人类肠道菌群参考序列数据库
包含了涉及92个表型的253个项目的58903个人类肠道samples/runs (包括17618个宏基因组和41285个扩增子。
https://gmrepo.humangut.info/home
reference：Wu, S. et al. GMrepo: a database of curated and consistently annotated human gut metagenomes. Nucleic Acids Res (2019)
相关推荐
-
Cell：科学家最新鉴定，人体肠道含有14万种病毒，已知不足50%，城乡居民噬菌体各不同
人类的肠道是一个非常复杂的生物环境.除了细菌外,数十万种称为噬菌体的病毒也可以在其中生活,它们也会感染细菌.肠道微生物组是人类健康的重要因素,肠道微生物组的失衡会导致疾病和复杂的疾病,例如炎症性肠病, ...
-
科研 | Gut Microbes：人类微生物组的宏基因组分析揭示了肠道胆盐水解酶的丰度与宿主健康之间的关联
编译:逍遥君,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 肠道微生物组的胆汁酸代谢对宿主健康同时发挥有益和有害的作用.启动胆汁酸代谢的微生物胆盐水解酶(BSHs)对宿主生理表现出积极和消极 ...
-
佳作推荐|迄今最全面的人类肠道噬菌体数据库发布
本期带来一篇近日发表在Cell上的佳作,该研究整合了迄今为止最全面最完整的人类肠道噬菌体基因组数据库高质量.大规模的噬菌体基因组对后续病毒组学的研究方向产生了重要影响. 精彩的数据分析.流畅的研究思路 ...
-
肠道菌群掌控着人类生存的五大基本要素
肠道菌群掌控着人类生存的五大基本要素
-
Nature Methods | 利用重复抽样研究绝对微生物群丰度的时空异质性和干扰
推荐:江舜尧 编译:罗睺 编辑:十九 美国纽约哥伦比亚大学系统生物学系Harris H.Wang & Dennis Vitkup等人于2019年7月15日在Nature Methods 发表题 ...
-
链读测序技术在宏基因组组装研究中的应用
链读测序(Linked-read sequencing)通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起,能够消除其中的一些错读,从而改进宏基因组组装.但目前还不清楚在使用 ...
-
Cell：人体内隐藏着多少种病毒？答案是至少14万种
撰文|王聪 编辑|nagashi 排版|水成文 人类和其他哺乳动物一样,身体被包括细菌.病毒和真菌在内的数万亿微生物占据,这些微生物被统称为共生菌群.从某种意义上来说,"人"是一个 ...
-
科研|FOOD CHEM：酸枣叶经过人类肠道菌群代谢后的代谢图谱以及其潜在的抗氧化作用
编译:阿昊,编辑:谢衣.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 酸枣叶(Ziziphi Spinosae Folium),是酸枣Ziziphus jujuba Mill. Var. spinosa ...
-
综述 | Curr. Opin. Microbiol.:人类肠道菌群中抗生素抗性基因的水平转移
编译:红皇后,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 由抗生素抗性细菌引起的感染是公众健康的重要威胁,导致这些感染的致病菌会通过被称为水平基因转移(Horizontal Gene Tr ...
-
科研 | mSystems：宏基因组荟萃分析揭示人类肠道菌群与健康和疾病相关的功能特征
编译:团子菌,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 虽然已有研究表明人体健康受到肠道菌群的影响,但宿主-微生物潜在交互作用机制仍然不清楚.而将宏基因组运用于临床研究可以通过揭示可区分 ...
-
时隔1月，Nature再发对人类肠道菌群中未培养基因组的新见解
2019年2月11日英国学者Robert D. Finn等人在<Nature>上发表题目为<A new genomic blueprint of the human gut micr ...
-
先“播种”后“施肥”：人类肠道菌群发育的完美配合
婴儿微生物群落的建立过程就是一个"播种-施肥"的过程,如果说分娩过程是一个主要的"播种"过程,那么哺乳过程无疑就是重要的"施肥"过程. &q ...
-
科研 | Nature Biotechnology：来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据库
编译:流年梦,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 全面.高质量的参考基因组对于人类肠道菌群的功能特性和分类学分配研究至关重要.该研究提供了统一的人类肠道微生物基因组(UHGG)数据 ...
-
今日Cell：迄今最大人类肠道噬菌体数据库发布 | 热心肠日报
第1733期:今日Cell:迄今最大人类肠道噬菌体数据库发布 本期话题:肠道噬菌体,瘤内菌群,猪肠道微生物组,三代测序,新生儿,城市化,农药残留,糖尿病 展开 02月19日 Cell:迄今最大的人类肠 ...
-
综述 | AEM：通过植物多糖的饮食干预调节人类的肠道菌群
编译:微科盟R.A,编辑:微科盟木木夕.江舜尧. 微科盟原创微文,欢迎转发转载. 导读 人肠道栖居着细菌为主的多种微生物,通常被称为肠道微生物群.肠道微生物群人类生理过程中的参与分子信号传导,被认为对 ...
-
科研 | 中国农业大学Gut：异常肠道菌群改变宿主代谢组并影响人类和啮齿动物的肾衰竭
编译:莫莫,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 肾功能衰竭患者表现出的尿毒症症状,可能是由肠道微生物引起的.本研究旨在探讨终末期肾病(ESRD)患者肠道微生物组分.尿毒症毒素与肾功 ...