非肿瘤纯生信创新思路3(重点融入免疫相关性分析)重磅上线
很多人都说非肿瘤纯生信没有什么内容可以做,难以发表SCI论文,其实并不是这样的,你可以对分析内容进行一下创新,例如这样的分析思路:
如何进行创新呢?
我们可以根据一篇2-3分的非肿瘤参考范文进行创新,例如下面这篇参考范文:
原文是这样做的:
第一步,数据下载处理、合并、矫正、差异分析
第二步,进行WGCNA分析
第三步,进行取交集的基因
第四步,进行GO、KEGG富集分析、PPI分析、构建miRNA-mRNA-TF网络
第五步,进行免疫相关的分析
我们进行创新后的分析思路是这样的:
第一步,数据下载处理、合并、矫正、差异分析
第二步,重点关注免疫分析部分,不做其他分析,CIBERSORT这种算法估计审稿人都看腻了,我们使用ssGSEA算法计算免疫评分,并且分为免疫细胞和免疫功能这两部分
第三步,进行免疫细胞之间的相关性分析、免疫功能之间的相关性分析
第四步,进行正常组与疾病组之间免疫评分的差异分析
第五步,进行显著表达的基因与免疫细胞、免疫功能的相关性分析,并且筛选与免疫最为相关的基因(重点分析内容)
第六步,选出与免疫最为相关的基因构建模型(重点分析内容)
第七步,GO与KEGG分析估计审稿人都看腻了,我们来做一下DO分析
在这里我们仅仅分享了创新思路,里面的操作内容需要大家自行进行摸索。
相关推荐
-
4+分的Aging现在得补这么多湿实验了!
Elevated lymphocyte specific protein 1 expression is involved in the regulation of leukocyte migrati ...
-
非肿瘤7分纯生信,2个月接收
最近有一些朋友问起非肿瘤纯生信文章能不能做?其实肿瘤分析的内容和方法相比非肿瘤分析,算是超前的.告诉 今天分享的这篇文章,是上个月发表在frontiers in immunology上的文章,关于CO ...
-
8分+ 最新基因集泛癌生信 可模仿!
大家好,今天要和大家分享的是2021年6月发表的一篇文章:"The pan-cancer landscape of crosstalk between epithelial-mesenchy ...
-
单基因泛癌如何补实验?
有的朋友有实验条件,想在单基因生信的基础上补实验,发的更好一些,也有的朋友担心审稿人会要求补实验,那么我们的单基因泛癌如何补充实验验证呢? 首先生信分析的内容详见下面链接 单基因泛癌高阶套路模板 单基 ...
-
最新8.6分肿瘤分型纯生信,换个肿瘤可重复!
越来越多的证据表明,肿瘤微环境(TME)与癌症的预后和治疗效果密切相关.然而目前尚无可靠的TME评估系统可以准确预测胃癌的预后.在这项研究中,作者基于51个免疫细胞评估了1422个胃癌样本的免疫微环境 ...
-
最新7.5分SCI 单基因单肿瘤生信+简单实验
内质网氧化还原1样(ERO1L)基因编码一种与缺氧相关的内质网腔定位糖蛋白,其表达异常可产生过量的活性氧簇,从而激活细胞凋亡途径.本研究旨在讨论ERO1L在肺腺癌(LUAD)和肿瘤免疫微环境(TIME ...
-
免疫浸润:生信分析45肺癌 思路分析
生信论文的套路 ONCOMINE从全景.亚型两个维度做表达差异分析: 临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要: Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性: cBi ...
-
免疫浸润:凡是打不倒你的都会让你更强大
小伙伴们大家好呀,今天要为大家介绍的是于2020年11月12日发表于journal of cellular and molecular medicine(IF=4.486)的文章,题目为Charact ...
-
又见非肿瘤7.5分SCI,生信分析+组化验证 可重复
本研究旨在确定免疫相关基因在克罗恩病(CD)中的诊断和预后价值.首先,作者从基因表达综合数据库(GEO)下载了7个分析CD组织中基因表达数据.利用单样本基因集富集分析(ssGSEA)估计CD组织中免疫 ...
-
基因集泛癌分析,重磅来袭
今年早些时候,我们推出单基因泛癌分析,收到客户的一致好评.收获很多回头客以及朋友介绍的客户. 单基因泛癌高阶套路模板 单基因泛癌生信高阶模板结果展示 对比两篇单基因文章,一篇7.5分,一篇未发表 对比 ...
-
准7分,2个月接收的单基因生信+组化验证 可重复!
大家好,今天要和大家分享的是2021年4月发表的一篇文章:"CD2 Is a Novel Immune-Related Prognostic Biomarker of Invasive Br ...
-
TCGA单基因免疫相关泛癌分析
最近写了一段代码,基于肿瘤TCGA数据库进行一系列分析.只要输入基因名,就可以得到以下结果(注意:只能是mRNA的gene symbol) 1 泛癌表达:该基因在33种肿瘤中的表达 2 差异表达:肿瘤 ...
-
转录组套路换甲基化重做一次发了10分!
LAG3 (LAG-3, CD223) DNA methylation correlates with LAG3 expression by tumor and immune cells, immun ...
-
3.9分 非肿瘤生信+实验验证 经典蹭热点思路 不到2个月接收
在本项研究中,作者利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)阐明与脊髓损伤(SCI)相关的特定模块和中枢基因.首先,作者从GEO数据库下载基因表达谱GSE45006和GSE2599,通过WGCNA分析识 ...
-
想偷偷变生信高手?这六款数据库,让你零代码15分钟完整复现一篇4+免疫类生信SCI!
解螺旋公众号·陪伴你科研的第2514天 文章复现系列 从小白的角度,一刻钟复现生信套路.各位小伙伴大家好,今天给大家带来的是一篇2020年发表在Journal of Cellular and Mole ...
-
7.2分基因家族单肿瘤分析,就这?
在本项研究中,作者使用多个公共数据库系统地探索和验证了TBC1D3家族在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达水平和预后价值.此外,作者还研究了TBC1D3家族成员的功能以及TBC1D3家族表达与KIRC免 ...
-
5.2分SCI 单基因生信+组化验证
本研究作者旨在探讨钙结合蛋白家族成员S100A16在胰腺癌(pancreatic cancer , PC)中的表达和预后价值评估.首先利用Oncomine检测S100A16在PC等肿瘤中的表达水平及预 ...
-
55天接收的准6分纯生信,想发文章并不难
大家好,今天要和大家分享的是2021年2月发表的一篇文章:"Comprehensive Analysis of the Immune and Prognostic Implication o ...
-
最新10分生信分析,快来看看焦亡分型如何发经典老牌1区杂志,投稿到接收仅3个月。可重复!
最新研究证实,细胞毒性淋巴细胞可以依赖细胞焦亡杀死肿瘤细胞,提示细胞焦亡在免疫应答中起着重要作用.然而,焦亡对肿瘤微环境(TME)重塑和免疫治疗的影响尚不清楚.在这项研究中,作者分析了28个焦亡相关基 ...