PyMOL 最新版本教程：手把手教你作出大神级蛋白结构图（终结篇）
和Linux一样,想要更好地使用PyMOL,就不能浪费了PyMOL所支持的命令行输入模式,我们可以向external GUI窗口中键入命令行,命令行输入可以代替所有的鼠标操作,如果练习运用的好的话,操作会更加精准,速度也会更快。下图就是external GUI的界面。
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https://v.qq.com/x/page/n0537l6gm00.html
首先我们需要知道的是虽然PyMOL命令是区分大小写的，但是目前PyMOL命令都还是只用小写，所以以下我们看到的所有命令都是用小写字母的。那么命令行的格式是怎样的呢？PyMOL命令一般都是由keyword(关键词) 和argument（变量）组成，具体如下：
PyMOL> keyword argument
但并不是所以命令都需要变量，比如退出命令，我们就可以直接输入PyMOL>quit,然而需要变量的命令依旧占据了大多数，可以分为单变量命令和多变量命令，单变量命令指的是对于某些命令，我们只可以输入一个变量，比如放大命令zoom，但是同时你会发现不加任何变量这个命令也可以被执行，这是因为PyMOL对单变量命令有一个默认的变量，对于放大命令zoom来说，all就是它的默认变量，即
PyMOL>zoom等同于PyMOL>zoom all
多变量命令可以带多个变量，比如说假如我想将对象的的颜色变为红色，我们可以使用 PyMOL>color red这个命令，但是操作后我们会发现这样的命令没有办法指定某一部分变色，于是我们可以选中我们需要的部分，采用以下的命令
PyMOL>color green，sele
这里的sele就是除了颜色以外的第二个变量。
实例讲解
下面我们以第一次课我们用到的蛋白1kim为例，简单讲解以下PyMOL命令行的使用。首先依旧是获取蛋白，如果我们想从pdb文件库中直接获取这个蛋白，可以输入命令
PyMOL> fetch 1kim （图一）
图一
如果你想打开已经下载好的文件，可以输入命令
PyMOL> load E:\PDB\1kim.pdb (图二)
load 后填写的是我们文件所在的路径。
图二
我们发现，得到的是这个蛋白和配体的出版结构，我们想只用卡通模式显示蛋白的结构，可以用下面这个简单的命令行（图三）。
PyMOL> hide
PyMOL> show cartoon,1kim
图三
想要将蛋白按照不同的二级结构显示颜色，我们可以采用下面的命令行(图四)：
PyMOL> color red,ss h
PyMOL> color blue,ss l+
这里的“h”指的是helix结构，l+指的是loop及除beta sheet和helix以外的其他，如果还想改变beta sheet 的颜色，我们可以输入命令行
PyMOL> color yellow,ss s
图四
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接着，我们想找到这个蛋白内的配体并将其重新命名为THM并调整显示方式，可以采用以下的命令行(图五)：
PyMOL>select THM,selection
PyMOL>color yellow,THM
PyMOL>show sticks,THM
图五
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最后，我们可以调整视图，并ray出最终图，（图六）
可以使用以下的命令：
PyMOL>bg_color white
PyMOL>ray 300
图六
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经过上面的学习，我们会发现使用命令符操作，速度和准确度确实会加快
但是在PyMOL中，我们还会常常会用到选择目标的命名，格式如下
PyMOL>select selection-name,selection-expression
其中selection-name 使我们自己起的名字，selection-expression 即选择表达，是我们选中的部分，可以由所谓的“selector”加上“identifier”组成，这样就需要需要我们熟练的掌握各种selector的名称，这样才能准确对对象进行操作，下面小编就给大家列出了一些常见的selector：
表一：