生信结合免疫评分的发文思路 / 开普饭

文章题目：Identification of Key Genes in Thyroid Cancer Microenvironment

研究背景：

肿瘤微环境（TME）在肿瘤的发生发展中起着重要作用。然而，TME在甲状腺癌中的作用还没有得到很好的研究。在我们的研究中，我们旨在确定与甲状腺癌微环境相关的基因。

研究方法：

我们结合TCGA数据库和恶性肿瘤组织中基质细胞和免疫细胞的估计，利用表达数据（ESTIMATE）数据集来识别甲状腺癌微环境中差异表达的基因。然后，利用这些差异表达基因构建了蛋白质相互作用（PPI）网络并进行了功能富集分析。PPI网络中超过12度的基因被视为hub基因。最后，我们对这些hub基因进行了Kaplan-Meier曲线、log-rank检验和功能富集分析。

研究结果：

在甲状腺癌微环境中，有793个差异表达基因与免疫评分和间质评分相关。通过构建PPI网络，筛选出30个hub基因。这些hub基因在免疫细胞活性、细胞因子和趋化因子活性、细胞粘附分子和细胞外基质等方面的功能上有富集，进一步揭示了这些基因在肿瘤微环境中的作用。CXCL10在PPI网络中的度最高，与甲状腺癌患者的总生存率呈正相关（P=0.02467）。

研究结论：

我们在甲状腺癌中发现了30个肿瘤微环境相关基因。在这些hub基因中，CXCL10可作为甲状腺癌预后的生物标志物。

操作步骤：

第一步，将TCGA基因矩阵与免疫评分、基质评分合并，分别根据评分的中位值分为高分组（high）与低分组（low），分别进行high vs low的差异分析

第二步，对上面得到的差异基因取交集

第三步，将交集的差异基因做功能分析（GO，KEGG，PPI分析）

第四步，筛选出30个hub基因

第五步，对hub基因做GO与KEGG分析

第六步，对hub基因进行批量生存分析

文章出现的图：