插件FastQC | 点点点,人人看看测序数据质量
写在前面
前述,我说过了,要通过 TBtools 的插件开发,让任何人都可以在自己的笔记本上完成基本的高通量测序数据分析(公开可获取的)。大体步骤如下:
SRA 数据下载 - 已完成
SRAtoFastq - 已完成
测序数据质量查看 - 本次完成
质控,接头与低质量数据清理
表达矩阵估计
....
总的来说,一步比一步复杂。虽然在 Linux 或者 macOS 的命令行下,这些工作显得相对简单。但事实上,对于时间和精力有限的科研人员,掌握命令行操作,本身需要不少投入,同时还会有记忆难度(不大可能会天天使用)。于是界面化操作更为合适。
既然之前已经立了 Flag,每周更新一个相关插件,我不会轻易食言。鼓捣了下,最为经典且常用的 测序数据质量查看软件 FastQC 打包成一个插件,成为 TBtools 的 七号插件,又名“小七”。
这个插件只有一个功能:调用FastQC,对测序数据进行质量评估,输出结果也是FastQC的结果。于是,可能感兴趣的人不会太多。
插件的安装
打开 TBtools,选择到 安装插件的摁钮,点击
拖拽放置或菜单选择到 FastQC.zip 插件,点击 打开 即可完成插件安装
注:上图已经完成插件安装
插件的使用
与以前的插件使用类似,第一步是打开插件
设置输入文件,与插件“小四”的使用是类似的,
点击 Start,随后等待即可
结果解读
运行结束后,输出结果与输入的测序数据文件在同一目录。Emmm,关于结果解读。。。这个没有。FastQC 具体结果查看,在网络上可以搜索到非常多,不过我个人的观点是,可以琢磨琢磨,看看是不是有绝对的问题,否则....不用太在意。当然,看看测序质量,是否是原始数据,是否存在污染,这些还是可以的
写在最后
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