DIANA Tools：全能型miRNA研究选手

如何怎么找某一条信号通路有关的microRNA？

找某个疾病有关的microRNA，该怎么实现？

这里推荐一个优秀网站：DIANA tools

（长按可以复制）

http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php

DIANA tools，是一个集合了miRNA和lncRNA相关研究的数据库，目的是提供一种算法数据库和软件，用于在系统框架中解释和归档数据，范围包括从深度测序数据的表达调控分析。该数据库能够分析miRNA与靶基因，miRNA与信号通路，miRNA与lncRNA的相关分析，以及自动分析数据，并且可以直接根据序列（新miRNA）预测靶基因，我们还能够查询miRNA发表的相关文章，miRNA相关的启动子、调控因子、转录因子内容也是有的。

DIANA tools具体可分为microCLIP, TarBase v.8, microT-CDS,MirPath v.3, LncBase v.2、Automated Pipelines、MR-microT、mirPub、miRGen.V3、MirExTra v2.0等多个不同的工具模块。

接下来具体看看这个网站能帮助我们完成的那些生信研究“大事”吧！

一、microT-CDS：预测microRNA靶基因

microCLIP、TarBase、microT-CDS三者都是用于分析miRNA与靶基因调控关系的模块。

microCLIP算法可用于识别转录组范围的miRNA-靶标相互作用。它可用于AGO-PAR-CLIP测序读取，需要SAM / BAM比对文件和miRNA列表作为最小输入。microCLIP框架在超级学习方案下结合了深度学习分类器，用于CLIP指导的miRNA相互作用检测。它为每个候选miRNA识别元件（MRE）和与AGO结合的富集区域/簇提取特征。随后，它通过多层分类方案对MRE站点进行评分。该算法的输出是包含（非）规范miRNA相互作用的类BED文件。

TarBase有1080276 总条目，包括了665843交互作用， 516细胞类型 ，85组织1208 篇发表………并支持以下查询和浏览模式进行方式查询：

microT-CDS是microT算法的第五版。与实验蛋白质组学数据相比，DIANA-microT-CDS与以前的版本相比灵敏度显着提高（65％比52％）。该模块不仅可以显示miRNA与靶基因的结合位置，还有物种保守性，甚至连pubmed上有没有相关文章都能自动检索。

二、DIANA-mirPath：查询miRNA和信号通路

DIANA-mirPath是一个miRNA途径分析网络服务器。该模块可以利用DIANA-microT-CDS算法提供的预测的miRNA靶标（CDS或3'-UTR区域），可以利用DIANA-TarBase获得的经过实验验证的miRNA相互作用，DIANA-mirPath能够根据多条miRNA来预测信号通路。

PS：有的miRNA在数据库里面没有收录，如果没有找到要查的miRNA也不用急，试一下别的数据库就OK。

三、LncBase：lncRNA-miRNA结合关系

进入该模块，可以发现，该数据库预测可以有两种方式来看lncRNA和miRNA是否有结合可能性，分别是基于实验基础的“Exprimental module”和纯预测的“Prediction module”。

以Prediction module”为例，我们进去可以看到，可以进行miRNA输入或者lncRNA输入：

或者，当我们只知道有个lncRNA的基因组注释信息时，也没关系，只要在开始的界面进入“Search by location”即可输入具体的位置信息。

当我们想看看某个miRNA有哪些可能结合的lncRNA时，只要输入miRNA名字即可。可以通过在左边“Filters”中设置Threshold值来进行进一步筛选，看到具体的基因信息。关于lncRNA注释信息，miRNA的序列信息，有哪些“binding category”都可以看到。点击每个的右边拓展项，可以看到具体的结合位置信息。

以Prediction module”为例，输入 miRNA名称 (miRBase v21)例如hsa-let-7a-5p：下面即显示了可能结合的所有lncRNA信息，可以通过在左边“Filters”中设置Threshold值来进行进一步筛选，通过点开每一个右边的拓展选项，可以看到具体的基因信息：

这是从miRNA的角度，寻找可能结合的lncRNA。同样，直接输入lncRNA，也能反过来寻找可能结合的miRNA：此外，当你想明确地想知道某个miRNA和lncRNA是否有结合可能性的时候，只要同时把两个输入就可以了。如果是通过“Exprimental module”进行的同样检索，还可以看到具体的实验方法来源和具体的检测样本来源等信息。

四、MR-microT：新miRNA靶基因预测

DIANA-microT是KiriakidouM等基于实验和计算生物学方法开发的miRNA靶基因预测软件。和miRanda预测结果中可能出现一个miRNA对应多个靶位点或多个miRNA对应一个靶位点而丢掉了miRNA调控单个靶位点不同的是，DIANA-microT考虑了miRNA调控单个靶位点的情况。DIANA-microT预测算法基于以下两点来判别miRNA靶基因：①miRNA和靶基因间的高亲和力，主要通过结合能来衡量。②影响miRNA和靶基因所形成二聚体茎环结构环部位置和环大小的miRNA相关蛋白可能指导miRNA和靶基因的相互作用。

五、mirPub：miRNA相关文章

Diana mirPub是一个数据库和相关的Web应用程序，能够搜索与特定microRNA分子有关的出版物的研究人员提供了强大而直观的界面。mirPub还提供了有关这些microRNA与任何疾病，组织和基因的相关性的有用信息，还能根据关键词、疾病、出现位置进行筛选。

六、miRGen：miRNA启动子、调节因子和转录因子

不仅可以通过组织和细胞类型，启动子范围进行筛选，还显示转录因子与miRNA启动子的结合位点、位置。同时可以根据组织、细胞、实验方法、（正、负）相关性、直接还是间接作用和物种进行筛选，还可以获知miRNA的相关疾病。

七、mirExTra ——分析microRNA功能的表达数据

DIANA-mirExTra可以根据基因3'UTR序列中六个核苷酸长的基序（六聚体）的频率，识别微RNA对蛋白质编码转录本表达水平的影响。发现在条件之间起关键作用的microRNA，并使用DIANA-miRextra v2.0分析来自NGS实验的microRNA / mRNA表达数据。使用这个模块不需要生物信息学专业知识HPC基础架构。

在差异表达分析模块（DEA）可进行强大的分析和可视化，包括使用DESeq，Limma和edgeR进行差异表达分析，热图，二维还原（PCA），聚类等等，非常香~亲们可以选择使用自己的数据或者数据库储存的miRNA数据。

相信看了以上内容，相信亲们可以非常直观地感受DIANA Tools的“扛把子”能力了。